蛋白对接_MOE的基本使用（1）—小分子与蛋白质的对接

最新推荐文章于 2024-08-02 21:21:13 发布

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“ MOE的基本使用(1)—小分子与蛋白质的对接”

院里的同学经常会问我一些MOE的使用，为了方便大家学习，在此我分享一下这个软件的基本使用方法。因为我的所有技能都是自己摸索学习的，所以如果有错误，敬请谅解。

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关于MOE

MOE是一款来自于加拿大的计算机辅助药物设计(CADD)软件。这个软件可用来同源建模，对接，分子模拟等。目前我所接触的市面上类似的软件还有：DS，Schrodinger，Autodock。前面两个包括MOE都是收费的，Autodock是免费的，所以名气比较大。但是由于这款软件是用python2.7开发的，年代久远，且也没怎么更新维护了。重要的是我觉得用户界面不是特别的友好，所以用的比较少，后面有机会会介绍一下这款软件的相关使用。目前，我们院里是买了三年MOE的使用版权的，所以生科院的同学可以放心使用。 02 — 关于分子对接本篇文章主要给大家介绍一下MOE的对接功能。分子对接简单来说就是模拟两个或多个分子的结合过程。目前这个方法已经很成熟了，并且广泛的运用于药物设计中。这里我给大家介绍的是比较常用小分子与蛋白质的分子对接。关于这个，还有一个著名的 锁钥原理。这时候， 灵魂画手上线了。简单来说，蛋白质就是我们的锁，小分子就是我们的钥匙，锁孔代表小分子与蛋白质结合的热点区域。我们模拟的开锁过程代表着小分子与蛋白质的结合。我们平时开锁的时候，会不断的调整钥匙插入的方向与摆放位置，这里我们往往称为小分子的“对接姿势”。每个对接姿势代表一个对接结果。

软件会对每个姿势输出一个打分 —这是根据能量贡献等计算公式获得的衡量对接结果质量高低的分数。对于MOE来说， 输出的打分是负值，越小代表结果越好 (吉布斯自由能为负值,说明反应是自发的嘛) 。 对于一个初学者及不知道对接位点的人来说。这个打分可以作为选取对接结果唯一的指标。 03 — MOE的操作界面我们打开MOE以后的界面是这样子的。对于这类CADD软件，我们需要熟悉鼠标的3键操作。在MOE中： 鼠标左键代表结构的选取，右键代表操作的下拉菜单，中键代表结构的旋转，shift+中键代表平移 。除此以外，MOE右下角的小球球也可以执行这些操作，小球球左下角的类似于循环的按键可以进行鼠标功能的切换。目前图中的功能代表旋转。

界面右上角的SEQ可用于查看编辑蛋白质序列和小分子。 04 — 蛋白质与小分子的预处理首先我们分子对接需要获取蛋白质与小分子的结构。蛋白质结构通常可以在PDB数据库中下载。对于没有的蛋白质结构可以通过同源建模获得( 参见往期内容)。小分子可以从各大数据库下载(Scifinder，Zinc等)，也可以自己画( 如何绘制小分子可参见往期内容)。我们从网上下载下来的蛋白质和小分子结构是存在一定问题的，比如结构缺失，形态不对等，因此在对接前，我们都要进行一个预处理(结构清洗，校正，加氢，能量最小化等)。 MOE中蛋白质的处理： file>open 打开蛋白质，右上角的cwd可用于更改工作目录。

导入蛋白质后，点击 Quickprep进行结构准备。

对于出现的界面，勾选受体点OK就行。另外，需要指出的是处理过程中，MOE会自动删除受体或配体4.5A附近的水。当然我的习惯是在SEQ里删掉所有的水，因为大多数情况下，水是不会与受体中关键的氨基酸或离子偶联并影响对接结果的。而水的存在会增加计算过程中的资源。这个视具体情况而定。对于MOE的初步使用来说。只要直接快速准备就行。

大家可以看一下，处理前与处理后的蛋白质区别，可以看到经过预处理后，蛋白质初始结构中缺失的原子已经补齐。

MOE中小分子的处理：对于简单的对接，只要像蛋白质一样导入，勾选配体快速准备就行。我介绍一下对于精密对接时小分子的处理，操作如下图所示，这个我就抛砖引玉一下，不展开说了。

05 — 分子对接蛋白质与小分子经过预处理后，点击 compute>dock进行对接，这里我主要讲解一下对接页面的参数选择。 MOE有很多种对接类型，比如共价对接，蛋白质-蛋白质对接等。对于蛋白质与小分子来说。使用General就可以了。哦，这里再提一下，对接一般分为刚性对接，柔性对接，半柔性对接。因为蛋白质及小分子的loop或分支侧链自由抖动会使构象发生改变。基于这一点，在对接过程中，若固定蛋白质和小分子的构象则称为刚性对接；不固定称为柔性对接；固定蛋白质，不固定小分子为半柔性对接。因为刚性对接不准确，柔性对接计算量太大且误差大，因此一般对接软件都是半柔性对接。对接的时候有基本可以分为以下几种情况： 1. 我们从PDB库中下载的晶体结构是复合物，我们需要寻找与复合物中小分子产生竞争的药物 。我们的流程是：直接把下载的复合物导入MOE进行结构预处理。然后点击compute>dock。这种情况，我们在site直接选择Pocket Atoms就行了。而Ligand我们需要选择我们要对接的小分子(在Ligand Atoms的下拉菜单中找到你导入的要对接的小分子的名称)。下面的method和score选择默认点击run就行，因为这是适用于大多数情况的参数。 Placement 代表化合物的摆放姿势，score代表打分方式，pose代表最后保留多少个姿势)。经过第一轮对接以后，MOE有一个对第一次对接的结构进行精炼的过程。所以有了第二个参数方法的选择。当然我使用的时候会进行调试，初步使用的话不需要。

2. 对于我们只有一个蛋白质结构，没有可以参照的小分子，但我知道结合位点的情况：这时候，我们先在SEQ里找到点击结合位点的氨基酸进行选择( 按住ctrl连续选择)，然后再 site那里选择“ 已选择的原子”就行。

3. 对于只有蛋白质，但是不知道结合位点的情况：点击 site finder>apply寻找结合位点。选择最上面的(默认为最好的)，点击 dummies>yes 建立虚拟原子。然后在对接页面的 site中选择 dummies就行。

06 — 分子对接结果对接完的结果会输出为 mdb格式(类似一个数据库)， 这里S代表打分，直接看这个就行。E-score1代表第一次对接的打分，E-score2代表第二次对接的打分。输出结果按打分值高低排序，因为我这里设定的是输出一个结构，所以只有一个结果。然后点击File>browse可查看对接结果。