bam文件读取_把bam文件读入R，并且转为grange对象

把bam文件读入R，并且转为grange对象

假如你的Windows电脑有个bam文件，不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它，就可以使用R语言！

有成熟的R包可以把bam文件读入R，比如Rsamtools，很简单的代码：

library(Rsamtools)

bamFile="alignResults.BAM"

quickBamFlagSummary(bamFile)

# https://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/html/Rsamtools.html

bam

bam

值得注意的是，这里我虽然不再演示了，但是作为初学者的你，应该是知道

但是把读入的数据变成grange对象就需要一点点技巧，下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧， 那么这个R包就可以多复杂，如果你学习足够努力，那就发一个你比较Rsamtools和samtools命令行工具的心得笔记给我吧，我会给你惊喜的，我的邮箱是 jmzeng1314@163.com

names(bam[[1]])

tmp=as.data.frame(do.call(cbind,lapply(bam[[1]], as.character)))

tmp=tmp[tmp$flag!=4,] # 60885 probes

# intersect() on two GRanges objects.

library(GenomicRanges)

my_seq