delete优化_分子模拟软件Schrodinger教程基础篇：受体蛋白的预处理与结构优化

作者 / 利刃君

公众号 /  叮当学术

发布计算机辅助药物设计相关知识，分享分子模拟软件教程及各类科研干货。轻松科研，简单生活~

知乎 / 叮当学术

---

借助Schrödinger软件对蛋白结构进行预处理与结构优化，以该方法处理完成的蛋白结构可用于分子对接、建模等以蛋白受体结构为研究对象的研究任务。

1

蛋白处理

从PDB、供应商和其他来源获得的结构文件往往缺乏执行建模相关任务所需的信息。通常，这些文件缺少氢、部分电荷、侧链和/或整个loop区域。为了使这些结构适合于建模、分子对接等任务，我们使用Schrödinger软件包中的蛋白质处理工具ProteinPreparation Wizard来对蛋白进行预处理。

本次教程中，我们使用蛋白1FJS为例对蛋白结构预处理及优化过程进行说明。