文章来源:公众号“科研讨论圈”
1.蛋白-配体相互作用
2.柔性对接及基于结构的虚拟筛选
3.基于药效团虚拟筛选
4.构效关系模型预测分子活性
Schrodinger是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式;基于受体结构及配体极性的对接模式;基于受体结构及溶液环境性质的对接模式;组合化学库设计及基于组合库的对接模式;基于配体结构的药物设计,药效团和3D-QSAR;生物分子结构模拟,蛋白、糖、核酸、小肽等;基于靶点的药物设计;ADME性质预测
在进行分子对接之前,如果需对接的小分子为1D或2D结构,我们首先要将小分子转换为三维结构并进行加氢、加电荷、生成