centos 安装Htseq_服务器安装RStudioServer并远程访问

        家里领导要使用R语言做生信分析,RStudio在她的小mac上跑着着实费力。而我刚好有一个皮糙肉厚的Linux服务器,可以压榨来做苦力。         最简单的方法是在terminal中操作,用ssh连接到服务器。但是 领导大人只会用RStudio图形界面,不 会用命令行 版本的 R。万幸 RStudio-Server可以在服务器安装,浏览器访问,就像在本地用RStudio一样丝滑。 一、安装RStudio-Server

        RStudio-Server是RStudio的服务器版本,安装后其它电脑可通过浏览器进行访问。d5a2aae8eeac715785b9f098ff20ca6a.png

通过浏览器访问RStudio-Server

1. 通过ssh连接到服务器         一般通过操作键盘和鼠标来操作电脑,理论上对于服务器也可以这么操作,但是一般不这么做:
  • 并不是所有时候都能把鼠标和键盘连接到服务器的

  • 不是所有服务器都配备有显示器

        有没有在一台电脑(客户端)上操作另外一台电脑(服务端)的方法呢?答案是肯定的。Windows上这个功能是Remote Desktop,在linux上则是ssh。本文中,客户端是mac,服务端是linux。为了让mac能够ssh到并且操作服务器,我们需要:

  • 客户端(mac)上安装有命令行(terminal)工具,mac可用自带的terminal,如果是Windows可安装mobaxterm

  • 客户端和服务端在同一个网络中,要知道服务器的ip地址(ipaddress)

  • 服务端的用户名(username),和密码(password)

在mac上可以搜索terminal并且打开:

d1e2ef36111bba9a017848dda71dff75.png

在mac上找到terminal

用ssh命令从mac连接linux服务器:

ssh username@ip # 后面会提示输入密码,但是输入过程中是看不到密码的

后面的所有操作都是在mac的terminal中操作linux服务器。

2. 服务器端安装R相关环境

        首先更新一下系统,服务器安装的linux是Fedora33-Beta,采用dnf的方式来管理相关包。更新包的方式如下:

sudo dnf updatesudo dnf upgrade

更新完成之后,安装R相关包:

sudo dnf install Rsudo dnf install R-devel
如果中间报错,则直接去网上搜索报错代码,通常是缺少某个包,安装即可。安装完成之后,在terminal中运行R:
R

则会有如下输出:

754375924f57ebfd7dddcd67544caf68.png

成功安装R环境

实际上到了这里,已经实现了在服务器上运行R相关代码的功能。接下来我们就在服务器上安装RStudio-Server。

3. 服务器安装RStudio-Server

        到 RStudio-Server官方下载地址去获取下载连接,官方地址如下:https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/,由于我服务器系统是Fedora33-Beta,所以选择Red Hat/CentOS。如果是其它系统,则更具实际情况选择。

a428ab458cf5ad77d162980efb579c89.pngRStudio-Server的下载版本选择,根据自己实际情况选择

因为这边服务器系统是Fedora33-Beta,所以选择Red Hat/CentOS 8:

c987381596e872305ba2b6680f57524a.png

选择Red Hat/CentOS 8的安装代码

对应安装代码如下,我们依旧在terminal中操作:

# Red Hat/CentOS 8wget https://download2.rstudio.org/server/centos8/x86_64/rstudio-server-rhel-1.3.1093-x86_64.rpmsudo yum install rstudio-server-rhel-1.3.1093-x86_64.rpm

安装完成后,我们先学习一下RStudio-Server的相关操作。

4. 服务器端操作RStudio-Server

4.1 查看RStudio-Server状态

sudo systemctl status rstudio-server.service

输出如下,从第三行,可以看到RStudio-Server的状态是running,也就是正在运行。

● rstudio-server.service - RStudio ServerLoaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)Active: active (running) since Thu 2020-10-22 20:37:02 CST; 1h 54min agoProcess: 966 ExecStart=/usr/libexec/rstudio/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)Main PID: 986 (rserver)Tasks: 3 (limit: 19067)Memory: 63.8MCPU: 2.198sCGroup: /system.slice/rstudio-server.service└─986 /usr/libexec/rstudio/bin/rserverOct 22 20:37:02 server systemd[1]: Starting RStudio Server...Oct 22 20:37:02 server systemd[1]: Started RStudio Server.

如果输出如下,第三行是dead状态,则是RStudio-Server没有在运行:

● rstudio-server.service - RStudio ServerLoaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)Active: inactive (dead) since Thu 2020-10-22 22:34:05 CST; 1s agoProcess: 966 ExecStart=/usr/libexec/rstudio/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)Process: 6034 ExecStop=/usr/bin/killall -TERM rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)Main PID: 986 (code=killed, signal=TERM)CPU: 2.246sOct 22 20:37:02 server systemd[1]: Starting RStudio Server...Oct 22 20:37:02 server systemd[1]: Started RStudio Server.Oct 22 22:34:05 server systemd[1]: Stopping RStudio Server...Oct 22 22:34:05 server systemd[1]: rstudio-server.service: Succeeded.Oct 22 22:34:05 server systemd[1]: Stopped RStudio Server.Oct 22 22:34:05 server systemd[1]: rstudio-server.service: Consumed 2.246s CPU time.

4.2 启动、关闭、重启、开机启动、取消开机启动RStudio-Server

# 启动RStudio-Serversudo systemctl start rstudio-server.service# 关闭RStudio-Serversudo systemctl stop rstudio-server.service# 重新启动RStudio-Serversudo systemctl restart rstudio-server.service# 开机启动RStudio-Serversudo systemctl enable rstudio-server.service# 取消开机启动RStudio-Serversudo systemctl disable rstudio-server.service

5. 通过网页访问RStudio-Server

在mac上打开浏览器,输入:

ip:8787 # ip是安装RStudio-Server的服务器ip

就可以访问RStudio了,此时的Username和Password就是先前登陆ssh的username和password。然后就可以愉快地通过浏览器使用RStudio了。

6cb47d3a0dd4b65f574e3cb41545af7c.png

RStudio-Server的登陆界面

总结

本文介绍了如何用ssh命令从mac连接linux服务器,在linux服务器上安装RStudio-Server,并且通过浏览器在其它电脑上访问RStudio网页版。

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