一.R安装和rstudio server安装
1.打开Ubuntu系统
2.更新软件包列表:sudo apt update
3. 输入命令安装R:sudo apt install r-base
4. 完成安装后,可通过R--version来验证是否安装成功
安装R相关包
install.packages(”ggplot2“)
install.packages(”BiocManager“)
BiocManager::install(”SingleCellExperiment“)
BiocManager::install(”scater“)
(验证是否安装成功,输入library( ),括号内容为对应括号内容
例:library(ggplot2)
安装Rstudio server
sudo apt-get install gbebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.06.2-561-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2023.06.2-561-amd64.deb
二.环境配置流程
1.Ubuntu系统设置——网卡1:链接方式设为“网络地址转换”,端口转发,增加22和8787端口
2.virtualbox——增加“仅Host-Only”网络
3.设置网卡2
4.宿主机的控制面板——对IP地址和DNS服务器地址设置
5.进入虚拟机Ubuntu系统查看IP地址,若出现错误,使用sudo apt install net-tools进行安装后,使用ifconfig查看IP
6.使用虚拟机Ubuntu系统打开终端,sudo service ssh starts查看ssh.service状态
如果是“could not be found”,使用命令“sudo apt install openssh-server,使用命令启动ssh服务:sudo service ssh start,即可在cmd通过ssh用户名@ip连接到服务器
7.进入虚拟机Ubuntu——retudio-server start打开rstudio-server——用Ubuntu系统ifconfig查到ip地址加8787在浏览器登录