linux下kegg注释软件,如何使用KAAS进行KEGG注释

使用KAAS做KEGG注释

标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics

什么是KEGG

中文名: 京都基因与基因组百科全书

外文名: koyto Encyclopedia of Genes and Genomes

简介

准备工作

蛋白质序列 cottonFGD提供各个棉种的protein sequence

自己的邮箱

步骤

对于已知基因组的物种进行全基因组的KEGG注释选择Complete or Draft Genome选项中的KAAS job request(BBH-method).BBH-method表示bi-directional best hit,双向的匹配，准确率更高。

KAAS主页

比对方法有三种：BLAST，GHOSTX，GHOSTZ，各有各的优缺点，其中BLAST结果更加准确，但是好像对输入的数据大小有要求，如果条目太多返回邮件会提示删减条目，可以输入的数据可以是核酸序列也可以是蛋白序列。在query name地方可以自己命名这次注释工作。 然后填写自己的邮箱

方法选择及数据输入

GENES data set这个项目中存在预设的参考物种信息，可以发现其中提供的各个门类，物种的多样性特别高，有动物，植物，微生物的，如果我们直接用默认的物种进行注释，可以得到很全面的注释，但是在后来做enrichment的时候会发现很多会富集到疾病等代谢通路上，在植物研究中这些明显不具有参考价值，所以可以手动的选择Manual selection，其中提供了大量植物的background，总共我们可以选择40个。

GENE data set

Maual selection for plant

选择双向匹配，然后开始。

start computing

结果

根据输入数据大小，网速等需要等待一段时间，好了以后会收到一封邮件，然后会给两个链接，首先要确认开始

Job Request

An email has been sent to xxx@xx.com for confirmation.

Please click on the link in the email to submit your KAAS job.

Automatic Annotation Server Ver. 2.1

KAAS - Job request accepted

KEGG Automatic Annotation Server Ver. 2.1

Your request ID is 1537237762.

If no action is taken within 7 days, your request will be deleted.

Best regards

GenomeNet Team

Request IDNum. is submitted.

KAAS - Accepted

KEGG Automatic Annotation Server Ver. 2.1

Your request ID is Num。

Best regards

GenomeNet Team

query list page

当服务器运算结果出来以后会邮件通知，结果又两种形式，一种是网页版，他会列出所有注释到的信息，然后每个信息对应的通路图，还会提供geneID2KUM，每个基因对应的kegg的K号(直系同源)

result

参考来源及推荐阅读