go kegg_R包对植物进行GO，KEGG注释

1、安装，加载所用到到R包

用BiocManager安装，可同时加载依赖包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

BiocManager::install("clusterProfiler")

library(clusterProfiler) ##富集分析

library(topGO) ###画GO图

library(AnnotationHub) ##获取数据库

library(BiocFileCache) ##依赖包

library(dbplyr) ##依赖包

library(pathview) ##看KEGG pathway

2、利用annotataionHub去抓取目标orgDb

ah

unique(ah$dataprovider) ##可查看数据注释来源

query(ah, "Apis cerana")  ##查找目标物种

tar_org

3、了解org数据库

主要有5个函数

3.1 以symbol形式展示

head(keys(tar_org,keytype ="SYMBOL"),30)  ##默认为ENTREZID

3.2、可以查看gene类型

3.3、select则是根据你提供的key值去查找注释数据库，返回你需要的columns信息

⚠️找到差异基因后，必须得确定你得基因号是对应ENTREZID 或者SYMBOL，，是属于哪种类型，若没有符合上述类型，可自行找到NCBI上得数据名称&#