序列每天从0开始_本地BLAST序列比对

一.本地BLAST:

• 定 义：本地BLAST是NCBI向用户提供的在计算机本地，对核酸、蛋白序列进行局部比对的算法工具
• 优缺点：本地BLAST具有可自建比对库、定义输出信息格式、无需连接网络等优点，但需要输入命令行，不如在线BLAST便捷

二.工具介绍：

在官网下载相应版本安装至自定义目录，在目录下的bin文件夹中就可以看到本地BLAST的各个工具：

1. blastn: 核酸序列比对
2. blastp: 蛋白质序列比对
3. blastx: 核酸翻译成蛋白质序列，再与蛋白质序列库比对
4. tblastn:核酸序列库翻译成蛋白质序列库，再与蛋白质序列比对
5. tblastx:核酸与核酸序列库都翻译为蛋白质序列，再在蛋白质水平上比对
6. makeblastdb:建立自定义的比对序列库

三.使用工具：

（一）建立比对序列库(也可以下载库)：

运行中输入CMD进入命令行(或在安装目录下进入PowerShell)输入以下命令:

安装路径binmakeblastdb -in 建库序列文件名.fasta -dbtype nucl -out database

分别对应:工具 -in 用于建库的序列文件(fasta格式) -dbtype 数据库类型 -out 数据库名

（二）序列和库的局部比对：

安装路径binblastn(或前面介绍的其他比对工具) -query 比对序列文件名.fasta -db database -out 比对结果文件名 -evalue le-5 -outfmt 0(或其他比对结果参数)

分别对应:工具 -query 比对序列文件(fasta格式) -db 数据库名 -out 比对结果文件名 -evalue 期望值(默认为10，一般设置le-5) -outfmt 比对结果参数

（三）比对结果的输出参数：0-18，常用0,5,6,7

• 0：成对输出，与在线比对结果相同
• 5：输出XML格式
• 6：输出table格式
• 7：输出带有注释行的table格式，有以下参数可通过’’7 参数’’的形式接在-outfmt后使用：

1. qacc：查询基因的序列号
2. sacc：库基因的序列号
3. qstart：查询基因的匹配开始位置
4. sstart：库基因的匹配开始位置
5. qend：查询基因的匹配结束位置
6. send：库基因的匹配结束位置
7. qseq：查询基因的匹配序列
8. sseq：库基因的匹配序列
9. evalue：期望值
10. bitscore：比特得分还是每对得分？(这个没用过)
11. score：原始得分
12. length：对齐长度
13. pident：相同匹配百分比
14. nident：相同匹配数量
15. mismatch：不匹配数量
16. gaps：间隙数
17. gapopen：间隙开口数
18. positive：积极得分的个数
19. ppos：积极得分的百分比