pfamscan 的使用_蛋白编码能力预测软件pfam流程

cdhmmer-3.1b1

./configure

make

makecheck

makeinstall

tarzxvf PfamScan.tar.gz

exportPATH=/path/to/install/hmmer3/bin:$PATH

exportPERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB

需下载的数据库包括：Pfam-A.hmm， Pfam-A.hmm.dat，Pfam-B.hmm，Pfam-B.hmm.dat，active_site.dat。

通过hmmerspress来把下载的数据建库：

hmmpressPfam-A.hmm

hmmpressPfam-B.hmm

三、使用说明

./pfam_scan.pl -fasta -dir

例如在r910的/home/r910/works/linbo/PfamScan目录中：

./pfam_scan.pl -fasta cpc.fa -dir/home/r910/works/linbo/PfamScan -pfamB -as -outfile result.fa

参数说明:

-dir Pfam_data_file_dir

包含Pfam数据文件的目录[必须]

-fasta fasta_file

包含序列的输入文件名 [必须]

-outfile output_file

输出文件名 [不指定则输出在命令行中]

-e_seq

序列E-value阈值 [不指定则使用默认阈值]

-e_dom

结构域E-value阈值 [不指定则使用默认阈值]

-b_seq

序列bit score阈值 [不指定则使用默认阈值]

-b_dom

结构域bit score阈值[不指定则使用默认阈值]

-pfamB

搜索Pfam-B数据库HMMs [默认关闭]

-only_pfamB

只搜索Pfam-B数据库HMMs [默认关闭]

-clan_overlap

允许不同上级分类的序列重叠 [默认关闭]

-align

在结果中显示比对片段 [默认关闭]

-as

预测Pfam-A数据库匹配的active sites[默认关闭]

-json [pretty]

输出结果使用JSON格式。例如指定值为[pretty]，则输出结果会使用"pretty" JSON格式输出 [默认关闭]

-cpu

并行工作的CPU数目 [默认全部]

-translate [mode]

将输入序列视为DNA，并在搜索前使用6框翻译的方法进行转换。如果翻译模式[mode]被指定，则必须为"all"或者"orf"。"all"表示完整翻译，包括终止子并且不产生单独的ORFs；"orf"表示只翻译和报告长度大于20的ORFs。如果使用了翻译参数而没有指定翻译模式，则默认使用"orf"模式。[默认关闭]

-h

显示帮助信息

四、结果格式

标准的输出格式为：

五、引用文献

R.D. Finn, A. Bateman, J. Clements, P.Coggill, R.Y. Eberhardt, S.R. Eddy, A. Heger, K. Hetherington, L. Holm, J.Mistry, E.L.L. Sonnhammer, J. Tate, M. Punta. The Pfam protein familiesdatabase. Nucleic Acids Research(2014) Database Issue 42:D222-D230