pfamscan 的使用_基础工具-HMMER用法

(二)使用蛋白质(核酸)序列搜索已构建HMM数据库

该方法为常用的功能注释方法。

构建HMM数据库。使用多序列比对文件，同上述命令即可完成构建。同时可以从Pfam、SMART等网站下载现成额HMM。举个例子，假如我有一批蛋白质序列，想做Pfam注释，看看有什么结构域，那么我可以去Pfam下载下述文件：

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/Pfam-A.hmm.gz

使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：

hmmscan -E 0.00001 --domE 0.00001 --cpu 2  --noali  --acc --notextw --domtblout  pfam.tab Pfam-A.hmm test.pep.fa

三、输出结果介绍

主要介绍两种格式

--domtblout

--tblout

输出结果中分为两类一类是针对序列的(full sequence) ，另一类是针对domain的(主要基于一条序列存在多个domain)。这两种格式涉及到的每一列信息解释如下(英文原文大家看的可能更明白！)

(1) target name: The name of the target sequence or profile.

(2) accession: The accession of the target sequence or profile, or ’-’ if none.

(3) query name: The name of the query seque