linux下kegg注释软件,KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

KEGG数据库，即京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)，是系统分析基因功能、基因组信息的数据库。

KofamKOALA是一个方便的KEGG功能注释工具，由创建KEGG的京都大学化研所生物信息中心学者在2019年11月发表于Bioinformatics。

以隐马尔科夫模型(HMM)创建的KOfam来进行蛋白序列同源搜索，其准确性可与性能最佳的工具相媲美， 有网页和Linux两个版本，本文重点介绍Linux版的安装与使用。

网页版

网址 https://www.genome.jp/tools/kofamkoala/

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网页填入蛋白序列信息，设值E值和留下邮箱点击Compute，只需要等待邮箱回复

Linux版

Linux版本的KofamKOALA 需要下载 KOfam(数据库)和 KofamScan(软件)，软件依赖Ruby，HMMER和GNU Parallel(事先没有安装可以看以下教程)

安装

我们以kofamscan安装在主目录$HOME(或者叫~)下为例介绍：

step1

下载和解压 KOfam 和 KofamScan

mkdir -p ~/kofamscan/dbcd ~/kofamscan/dbwget ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/ko_list.gz wget ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/profiles.tar.gz gunzip ko_list.gz tar xvzf profiles.tar.gz mkdir -p ~/kofamscan/bincd ~/kofamscan/binwget ftp://ftp.genome.jp/pub/tools/kofamscan/kofamscan-1.2.0.tar.gz # 注意kofamscan版本tar xvzf kofamscan-1.2.0.tar.gz

step2

下载 Ruby  HMMER  GNU Parallel

cd ~/kofamscan mkdir ruby hmmer parallel src cd src# Ruby版本应不小于2.4,这里演示的是2.7版;HMMER应大于3.1，这里是3.3;Parallel为最新版wget https://cache.ruby-lang.org/pub/ruby/2.7/ruby-2.7.0.tar.gzwget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.3.tar.gzwget ftp://ftp.gnu.org/gnu/parallel/parallel-latest.tar.bz2

安装 Rub