linux下kegg注释软件,科学网—生物信息——kegg分析的kobas软件的安装与使用 - 孙朋川的博文...

关于kegg的ko和K的分析，本以为可以通过interproscan来获取，谁知跑出来的结果只涉及新陈代谢，不能使用。最终还是使用北大开发的kobas做的kegg分析。

关于kobas的简介，这里有网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/help.do  ，这个网址支持在线分析，不过对于gene数目大于500的，就不支持了。需要后台运行，kobas。当然，他们的服务器是可以外租的，具体价格我不清楚。如果你有一台linux系统，我建议你还是自己安装上比较好。

从http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download.do 这个页面，可以下载安装。里边的installation 里边有具体的安装需要的配置和安装命令。依照给出的命令，大部分可以直接安装。不过，我在安装过程中，遇到两个小问题，大家可能会遇到，具体碰到的问题如下。问题1 R的安装。网上给出的linux的R安装，好多是不完全正确的，因为我们后边需要安装rpy2，即需要用python调用R语言，需要R自己编译出path-to-R/lib/libR.so libRblas.so、libRlapack.so库,所以，在安装R的时候，需要添加--enable-R-shlib 。安装完成后，在/etc/profile 中添加R的路径，具体需求如下

export R_HOME=/usr/local/R-3.2.1/lib64/R

export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library

export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export PATH=$R_HOME/bin:$PATH

保存后，source /etc/profile ,然后在命令窗口输入R，查看R的第一行，是否有R_HOME不识别的问题。如果出现warning，很有可能是R_HOME的路径不对，进入R环境，输入 Sys.getenv("R_HOME") 检查是否一致，不一致修改一下就好了。

然后安装rpy2，输入pip install rpy2，如果安装没有任何报错，就说明安装好了。

后边其他的安装就比较简单了。就不介绍了。

具体怎么运行，在scripts下边./annotate.py -help 就会有提示了。

如果我说的不对，或者没解决你的问题，就留言吧！

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