关于kegg的ko和K的分析,本以为可以通过interproscan来获取,谁知跑出来的结果只涉及新陈代谢,不能使用。最终还是使用北大开发的kobas做的kegg分析。
关于kobas的简介,这里有网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/help.do ,这个网址支持在线分析,不过对于gene数目大于500的,就不支持了。需要后台运行,kobas。当然,他们的服务器是可以外租的,具体价格我不清楚。如果你有一台linux系统,我建议你还是自己安装上比较好。
从http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download.do 这个页面,可以下载安装。里边的installation 里边有具体的安装需要的配置和安装命令。依照给出的命令,大部分可以直接安装。不过,我在安装过程中,遇到两个小问题,大家可能会遇到,具体碰到的问题如下。问题1 R的安装。网上给出的linux的R安装,好多是不完全正确的,因为我们后边需要安装rpy2,即需要用python调用R语言,需要R自己编译出path-to-R/lib/libR.so libRblas.so、libRlapack.so库,所以,在安装R的时候,需要添加--enable-R-shlib 。安装完成后,在/etc/profile 中添加R的路径,具体需求如下
export R_HOME=/usr/local/R-3.2.1/lib64/R
export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library
export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$R_HOME/bin:$PATH
保存后,source /etc/profile ,然后在命令窗口输入R,查看R的第一行,是否有R_HOME不识别的问题。如果出现warning,很有可能是R_HOME的路径不对,进入R环境,输入 Sys.getenv("R_HOME") 检查是否一致,不一致修改一下就好了。
然后安装rpy2,输入pip install rpy2,如果安装没有任何报错,就说明安装好了。
后边其他的安装就比较简单了。就不介绍了。
具体怎么运行,在scripts下边./annotate.py -help 就会有提示了。
如果我说的不对,或者没解决你的问题,就留言吧!
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