rda冗余分析步骤_VSEARCH：最简单易学的扩增子分析流程

前言

前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE,UNOISE等算法，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确度以及效率上显著高于老牌的mothur,QIIME等软件，受到全世界研究者的喜爱，目前谷歌学术显示其已经被引用了10780次！！

USEARCH这个软件的安装以及使用都非常方便，不像QIIME软件一样，“让无数生信人尽折腰”。USEARCH在除了高通量数据处理外，它还提供了α和β(包括unifrac等)多样性分析，可以说功能非常全面！

进入官网USEARCH我们可以看到作者提供32位的免费版本和64位的收费版本。免费提供的32位版本限制用户最多使用4G内存，依照本人样本的数据量以及使用经验的话，大于40个样品可能就不能有效的跑完全部流程了。

由于该软件64位收费版确实有点贵，而且有的实验室老板不一定让买。那么有没有什么方法可以突破免费版本的内存限制呢？

小编在这里就要给大家发一个福利了，让你能无差别的使USEARCH的绝大部分功能，而且还不用收费。那就是用与USEARCH非常类似的VSEARCH软件替代USEARCH使用，不管你有多少样品，有多大的数据量，都能让你无忧无虑的使用和USEARCH几乎一模一样的功能进行数据分析。

VSEARCH简介

VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。该软件是专门针对Edgar大神开发的 USEARCH 软件而设计开发的(Rognes，2016)。

VSEARCH作者在文章前言中就提到由于Edgar大神开发的USEARCH不开源，并且没有给出其软件中具体算法的详细描述。最主要的原因还有USEARCH免费的版本只有32位版本在使用时有4GB的使用内存限制。这帮生信大佬们不想花钱买USEARCH,所以他们直接自己开发了一个与USEARCH功能类似的软件VSEARCH供大家使用。根据谷歌学术的统计数据，该软件从2016年发表到现在也已经被引用了1258次。

从FIG.1可以看到：通过与