多序列比对要多久时间_序列比对，几个常用的多序列比对软件

作为一名生物科研狗，在饱受实验折磨的同时，相信大家也都多少会受到一些生信软件的“宠爱”比如需要做序列比对，却不知道该用什么软件，不知道怎么设参数、不懂怎么读结果。

今天我们详细地给大家介绍一款必会比对程序BLAST的用法，再给大家说一说几种常用比对软件的优缺点，方便大家自己选择。

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)可以说是短序列比对中最常用的比对工具了，它不仅支持核酸和蛋白的双序列比对，而且可以在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较，找到与查询序列相似的序列。

使用方法：

B可以选择不同的比对选项，对应于我们前面介绍的五种功能

D可以接受各种格式的查询序列，可以一个序列号(NM_000249)或者是FASTA序列

E可以限定查询序列中的某个片段，比如“from 200 to 600”就是查询200-600bp位置的序列

G可以选择进行多序列比对，并且可以更改序列输入方式

A可以选择所要查询的数据库

B可以输入物种名称，它会显示下拉条目可以进行选择

C可以用来排除一些不想要的信息

D对于特定数据库可以进行一些搜索限制，比如输入 “biomol_mrna【prop】 AND 【slen】”可以限制搜索500-1000bp长度的序列

E可以根据需要选择不同的速