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gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用 deployment and application of gromacs on the sunway bluelight supercomputer

科研信息化技术与应用

2 0 1 3 , 4 ( 1 ) : 7 4 – 8 0

APPLICATION

·应用 /  ·

Gromacs 在神威蓝光超级计算机上的

部署及应用

1,2 1,2 1,2

朱效民 ，尚远 ，王利

1 山东省计算中心，山东 济南，250014

2 国家超级计算济南中心，山东 济南，250101

摘 要： Gromacs 是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统，分别

为基于 Intel CPU 构建的高性能计算集群 (理论峰值超过 100T) ，以及基于国产 SW1600 CPU 构建

的 MPP 超级计算系统 (理论峰值超过 1P) 。本文介绍了 Gromacs 软件包在两个高性能计算平台的移

植、部署，并以生物大分子作为实例在两个平台上进行了分子动力学模拟测试。

关键词： 神威蓝光；分子动力学模拟；副本交换；Gromacs 软件包

Deployment and Application of Gromacs on the Sunway

Bluelight Supercomputer

Zhu Xiaoming1,2, Shang Yuan1,2, Wang Li1,2

1. Shangdong Computer Science Center, Jinnan, Shangdong 250014, China

2. National Supercomputer Center In Jinnan, Jinnan, Shangdong 250101, China

Abstract: Gromacs is a large scale molecular dynamics simulation software. National Super Computer Center in Jinan

has been equipped with two super computers, one is a cluster with Intel CPU (with a peak performance

of more than 100TFlops), and the other is a MPP system (with a peak performance of more than 1PFlops)

which is made with the homemade CPU SW1600. In this paper, the transplantation and deployment of

Gromacs software to the two systems were introduced, and the tests of molecular dynamics simulation for

biological macromolecules on both systems were performed as examples.

Keywords: Sunway Bluelight; Molecular Dynamics Simulation; Replica Exchange; Gromacs

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朱效民 等: Gromacs 在神威蓝光超级计算机上的部署及应用

1 引言 中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型

积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其

1.1 国家超级计算济南中心及其硬件资源介绍 他宏观性质。目前计算生物学领域广泛采用的分子

国家超级计算济南中心 ( 简称“超算中心”或 动力学模拟并行运算软件有 Groma