linux分子结构,使用命令babel转换分子结构文件

使用命令行模式的OpenBabel2.4.1转换分子结构文件

作者：shims

通过Windows系统下的图形界面转换分子结构文件是非常方便的，不过在Linux系统下面是用图形界面不太常用，特别是远程连接的时候调用图形界面是相对缓慢的过程。同时在一些批量处理过程中使用命令行模式是简便快捷的。

在成功安装了OpenBabel2.4.1的Linux系统上，如果设置了环境变量，那么可以直接通过命令babel调用OpenBabel转换文件。如果没有设置环境变量那么请使用babel编译之后的完整路径执行babel，如~/install/openbabel/bin/babel。

如果要转换一个pdb文件到mol2文件可以通过以下命令实现：

babel -ipdb 1.pdb -pmol2 1.mol2

回车执行该命令之后会提示如下：

1 molecule converted

23 audit log messages

这里1.pdb文件只包括了一个分子结构，转换成的mol2文件也就只有一个分子结构。如果输入文件为多个分子结构，则会一次转换并保存到输出文件中。

这里-ipdb表示输入文件是pdb格式，-omol2表示输出文件是mol2格式。1.pdb为输入问I安，1.mol2为输出文件。

Babel命令行模式支持的文件格式非常多，主要有：

·

acr --

Carine ASCI Crystal

·

alc --

Alchemy format

·

arc --

Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format [Read-only]

·

bgf --

MSI BGF format

·

box --

Dock 3.5 Box format

·

bs --

Ball and Stick format

·

c3d1 --

Chem3D Cartesian 1 format

·

c3d2 --

Chem3D Cartesian 2 format

·

caccrt --

Cacao Cartesian format

·

cache --

CAChe MolStruct format [Write-only]

·

cacint --

Cacao Inter