Pybel转换分子文件格式

安装可以在Python中调用OpenBabel的安装包：

# Linux系统
conda create -n obabel python=3.8
pip install openbabel pillow

安装完成之后就可调用pybel。

文件格式转换

用Python中调用OpenBabel的Pybel模块，将分子从.pdb文件格式转换成.mol2文件格式。

# python=3.8.15

from openbabel import pybel

mol = next(pybel.readfile("pdb", "path_to/.pdb"))
output = pybel.Outputfile("mol2", "output_path_to/.mol2")
output.write(mol)
output.close()