安装可以在Python中调用OpenBabel的安装包:
# Linux系统
conda create -n obabel python=3.8
pip install openbabel pillow
安装完成之后就可调用pybel。
文件格式转换
用Python中调用OpenBabel的Pybel模块,将分子从.pdb文件格式转换成.mol2文件格式。
# python=3.8.15
from openbabel import pybel
mol = next(pybel.readfile("pdb", "path_to/.pdb"))
output = pybel.Outputfile("mol2", "output_path_to/.mol2")
output.write(mol)
output.close()