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转载 qRT-PCR计算器

实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative PCR,qRT-PCR)是指在PCR反应体系中加入可与DNA产物特异性结合的荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最终通过相对定量或绝对定量的方法确定各个样本的本底表达量。

2023-07-18 13:24:08 510 1

转载 水稻(Oryza sativa)如何做GO富集分析

该脚本是第一个我用R写的小程序,虽然距离发布第一次用python写的小程序用于qRT-PCR结果计算的这篇推送相差一个月(https://mp.weixin.qq.com/s/HJFE4L0lQRJrGITCfl2UJg),但是阅读量却已经突破1w+,非常的意外。另外本公众号开通也有半年时间了,关注本公众号的人数也快突破1000。自己写的小程序拿出来免费供全网参考使用,在这过程中我也收到了许许多多来自于素未相识的人的一些反馈,这些反馈又使我进一步优化了自己的小程序。我想这就是这就是开源精神。

2023-07-18 13:22:15 1364 3

原创 NCBI上测序数据的下载

在生信分析中,由于论文中提供的数据有限,很多时候需要自己下载论文中的测序数据重新进行分析,从而得到自己想要的数据。而论文中的作者往往会把测序数据上传到NCBI中。因此学会如何从NCBI下载测序数据非常重要。

2023-05-12 16:41:33 1048

原创 转录组测序(RNA-seq)的数据如何分析?

经过富集分析后,我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因,通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个,至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法,一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因(2-3个),另一种方法需要有相应的表型数据,与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析,找出与表型高度相关的基因。

2023-04-03 16:50:45 11094 2

原创 GO富集分析可视化——柱形图和棒棒糖图

GO富集分析可视化时,柱形图和棒棒糖图如何设置factor

2023-02-18 14:19:11 1778

原创 Python 孔板(微量滴定分析):自动化和可视化----2

机器人在96孔板上的移动以及孔板的可视化

2023-01-29 19:31:58 139

原创 Python 孔板(微量滴定板分析):数据结构----1

通过面向对象编程(OOP)自己创建一个96孔板的一个类,并定义了孔板的遍历,孔中数据分配和检索,通过CSV文件写入孔板的数据,以及计算平均值。

2023-01-26 16:28:25 340

原创 利用Python subprocess模块实现比对,SAM转BAM,排序,索引全部流程

利用Python subprocess模块实现比对,SAM转BAM,排序,索引全部流程

2023-01-22 09:41:06 1174

原创 基因组中的正则表达式的应用

利用python中的正则表达式构建关于限制性核酸内切酶的字典和寻找基因组中的启动子

2023-01-18 19:26:24 168

原创 Python制作 .fasta文件的解析器

用Python读取FASTA文件

2023-01-17 18:32:31 1074

原创 Python计算限制性核酸内切酶切割后的核酸片段及其片段分子量

Python计算限制性核酸内切酶切割后的核酸片段及其片段分子量

2022-12-30 16:16:56 568 1

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