tcga数据下载_TCGA数据下载出现0KB！！

在下载TCGA数据过程中，有很多小伙伴参考这个教程：TCGA数据分析(1)，TCGA数据分析 (3)，进行数据处理时，会出现很多0kb的文件。

前两行0kb文件，多数是下载不稳定，出现问题。

中间两行的文件，是我们最终需要的文件。

后两行0kb，是因为代码的问题！代码将原来数据文件夹下，logs目录下未下载完成的文件也copy出来了。

现在重修改了这部分代码，基本上不会再出现0KB文件的情况了；而且还可以利用R代码进行解压，无需自己手动处理。

#获取当前工作目录
getwd()
#新建文件夹all，将所有样本文件夹中的压缩数据移动到all文件夹下
if (!file.exists('all')) {
  dir.create('all')
}
#获取当前路径下的一级目录，不会深入到数据文件夹下其他目录
#就是因为这个原因，导致之前很多logs/下0KB的数据被copy到
#all文件夹下，覆盖了之前的正常数据
i 
#copy数据至all路径下
for (n in i) {
  x.path = paste(n, list.files(n), sep = '/')
  if (n != "./all") {
    file.copy(x.path, './all')
  }
}

#解压文件
library(R.utils)
wdir = paste(getwd(), "all", sep = "/")
setwd(wdir)
i = 1
for (file in list.files(pattern = "*.gz")) {
  print(paste0(file, "正在解压文件..."))
  gunzip(file, remove = T)
  print(paste0("已经解压完成 ", paste0(i, " 个！")))
   i = i + 1
}

以上解压的同时，会删除当前目录下的压缩文件。如果电脑性能不佳，不建议用R语言进行解压，手动解压的速度会更好。

这里非常感谢B站粉丝们，和QQ群粉丝们反馈，要不然我也一直不会在意这个问题。