TCGA下载病理数据,文件太大无法完整下载

尝试了三种办法,直接下载、用官方软件gdc-client下载、R语言包下载,都失败了。都是超过一定大小就下载不完整无法正常打开或者R语言直接报错。

library(TCGAbiolinks)

query.harmonized2 <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC",

data.category = "Biospecimen",

data.type = "Slide Image",

experimental.strategy = "Diagnostic Slide",

barcode = c("TCGA-DD-A1ED"))

> GDCdownload(query.harmonized2)

Downloading data for project TCGA-LIHC

GDCdownload will download: 1.465199788 GB

The total size of files is big. We will download files in chunks

At least one of the chunks download was not correct. We will retry

Error in 0:ceiling(nrow(manifest)/step - 1) :

result would be too long a vector

求问有人碰到过类似的情况或者能提供解决的思路吗?

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