cytoscape使用方法_信号通路分析工具教程——Cytoscape及OmniPath插件

信号通路（Signal pathway）是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。

分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要，从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。

尽管目前信号通路的资源很丰富，但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻碍了合理、全面的信号通路数据库的创建。

2016年TüREI等人对人类信号通路的公共资源进行系统分析创建了OmniPath数据库（http://omnipathdb.org/ ）。

OmniPath数据库提供了对61个(不断增长中)资源的集成访问，包括12189个蛋白质和复合物之间的120000个相互作用、18722个转录和3068个转录后调控关系。

然而，如何通过图形用户界面访问OmniPath数据库？如何实现该图形用户界面中将OmniPath与分析工具相连接？

Cytoscape是生物网络分析和可视化的常用软件。2019年12月30日Ceccarelli等人[2]在Bioinformatics（影响因子7.307）上发表了一个Cytoscape的插件——OmniPath。

OmniPath插件可以直接查询OmniPath Web服务器来实现信号通路数据的定制导入，从而使用户从处理URL查询中解脱出来，并允许直接连接到其他应用程序进行进一步分析。

今天就给大家分享一个Cytoscape中的信号通路分析神器——OmniPath 插件！

OmniPath插件简介

OmniPath对人类信号通路包括：信号网络、激酶-底物相互作用、miRNA-mRNA相互作用与转录因子(TF)-靶相互作用。

此外，OmniPath还提供了通过基因同源性翻译到小鼠或大鼠的网络和调节子。

OmniPath应用程序基本工作流程如下：

用户从预定义选项中选择数据库→OmniPath App根据输入构造查询，并请求访问OmniPath服务器→服务器返回交互，网络在Cytoscape中可视化→导入网络后，可使用其他应用程序选择性地将数据导入Cytoscape并执行网络分析。