Cytoscape美化生物网络图

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或蛋白质等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用（pp），DNA与蛋白相互作用（pd）等。

1 软件下载和安装

Download Cytoscape

演示 version 3.9.1

2. 导入从string生成的蛋白质相互作用文件，生成网络。

3. 设置网络图layout

4. 插件的安装和对图的分析

# Centiscape
# clusterOne
# CyKEGGparser
# Cytohubba
# Enrichmap

# 以安装cytoNCA 插件 （Apps菜单下）为例。

搜索安装 

打开cytoNCA，计算BC

 根据BC，设置layout，节点大小由BC大小决定并排序

 5 设置节点的形状和大小，颜色等

设置节点/边/网络的特性

 

设置每一个特性映射

 

 

 

6 设置边的形状和大小，颜色等

切换成Eage，设置类似。

 

7. 调整图大小，旋转等

 

8 选择子图并调整节点，形状，layout等

选择的子图，可以拖动，单独设置，方法同上。 

9 命令撤销，图片输出

command +z 撤销 （macbook）

 参考：

https://manual.cytoscape.org/en/stable/

https://zhuanlan.zhihu.com/p/220527695