Cytoscape软件的基本使用

前言

Cytoscape是一款开源软件，可以用于可视化网络和分析。接下来将简单介绍软件的安装与使用。

Cytoscape官网

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Cytoscape安装

1. 下载软件：Cytoscape
2. Cytoscape软件运行需要Java 11 环境支持，在已经版本中需要手动安装，目录版本会自动安装。若软件运行出现问题，可以考虑手动安装Java 11 环境。
3. 软件安装无额外注意，可以自行调整安装位置，但要避免出现中文路径。

Cytoscape使用

本文以绘制网络药理学中，中药-成分-靶点网络举例。

1. 软件支持csv、xlsx等格式，前期需要准备的文件格式如下：节点文件，note1为化合物、note2为对应的靶点，HGT中药名和对应的化合物，以及对应的属性文件（帮助美化网络）来源可参考：网络药理学