r语言聚类分析_技术贴 | R语言UPGMA聚类分析和树状图

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导读

非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA或average linkage)是一种较常用的聚类分析方法，可用于分析分类问题，也常被用于微生物多样性研究。下面介绍用R语言中的UPGMA函数分析微生物多样性数据和结果可视化的方法，内容如下：1)模拟(样品、丰度)矩阵数据；2)计算bray curtis相异指数和UPGMA聚类；3)绘制树状图。

1 模拟(样品、丰度)矩阵数据

set.seed(1995)  

# 随机种子

data=matrix(abs(round(rnorm(200, mean=100