我们在前面曾讲到R语言如何读取SDF文件,今天给大家介绍下,读取后如何获取分子的相关信息。Chemistry Development Kit (CDK)数据资源是一个主要获取化学分子属性信息的JAVA库。其官方主页:https://cdk.github.io/。
同时其提供了相对应的JAVA接口供各用户使用。今天就给大家介绍下在R语言中是如何利用其接口进行相应的化合物数据获取的。
首先,我们看下需要安装的包:
install.packages('rcdk')
接下来我们直接通过实例来看下此包的使用:
1. 数据的输入与输出
##数据载入Dir1=system.file("molfiles","kegg.sdf", package = "rcdk")Dir2=system.file("molfiles","dhfr00008.sdf", package = "rcdk")mols
当单个分子sdf文件太大时,我们为了防止内存溢出,那么我们可以遍历读取:
##遍历读取数据iter type=while(iter$hasNext()) {
mo