python 基因序列提取_Python + 生物信息 05 ： 提取 CDS 等其他特征序列

1 介绍

在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列，以及其他诸如 mRNA 序列，misc RNA序列等具有生物意义的序列片段。而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。下面以提取 CDS 为例，记录提取序列过程，其他特征序列类似。

2 结构目录

3 Python代码

序列自动下载可以通过 Biopython 的 Entrez.efetch 方法来实现，这里以本地文件为例

#!/usr/bin/env python

# -*- coding: utf-8 -*-

# @Time : 2018\9\20 0020 18:32

# @Author : Baimoc

# @Email : baimoc@163.com

# @File : main.py

import os

from Bio import SeqIO

def format_fasta(ana, seq, num):

"""

格式化文本为 fasta格式

:param ana: 注释信息

:param seq: 序列

:param num: 序列换行时的字符个数

:return: fasta格式文本

"""

format_seq = ""

for i, char in enumerate(seq):

format_seq += char

if (i + 1) % num == 0:

format_seq += "\n"

return ana + format_seq + "\n"

def get_cds(gb_file, f_cds):

"""

从 genbank 文件中提取 cds 序列及其完整序列

:param gb_file: genbank文件路径

:param f_cds: 是否只获取一个 CDS 序列

:return: fasta 格式的 CDS 序列， fasta 格式的完整序列

"""

# 提取完整序列并格式为 fasta

gb_seq = SeqIO.read(gb_file, "genbank")

complete_seq = str(gb_seq.seq)

complete_ana = ">" + gb_seq.id + ":" + gb_seq.annotations["accessions"][2] + " " + gb_seq.description + "\n"

complete_fasta = format_fasta(complete_ana, complete_seq, 70)

# 提取 CDS 序列并格式为 fasta

cds_num = 1

cds_fasta = ""

for ele in gb_seq.features:

if ele.type == "CDS":

cds_seq = ""

cds_ana = ">lcl|" + gb_seq.id + "_cds_" + ele.qualifiers['protein_id'][0] + "_" + str(cds_num) + " [gene=" + \

ele.qualifiers['gene'][0] + "]" + \

" [db_xref=" + ele.qualifiers['db_xref'][0] + "]" + " [protein=" + ele.qualifiers['product'][

0] + "]" + \

" [protein_id=" + ele.qualifiers['protein_id'][0] + "]" + " [gbkey=CDS]\n"

cds_num += 1

for ele1 in ele.location.parts:

cds_seq += complete_seq[ele1.start:ele1.end]

cds_fasta += format_fasta(cds_ana, cds_seq, 70)

if (f_cds):

break

return cds_fasta, complete_fasta

if __name__ == '__main__':

# 文件输出路径

cds_file = "out/cds.fasta"

complete_file = "out/complete.fasta"

# genbank 文件路径

res_dir = "res"

cds_file_obj = open(cds_file, "w")

complete_file_obj = open(complete_file, "w")

for file in os.listdir(res_dir):

cds_fasta, complete_fasta = get_cds(res_dir + os.sep + file, True)

cds_file_obj.write(cds_fasta)

complete_file_obj.write(complete_fasta)

4 其他方法获取

类型编号AY，AP同一个基因存在多个提交版本时的序列编号NC，NMNCBI 官方推荐及使用的序列编号IMAGE等针对特定物种，或特定组织提供的序列编号

4.1 对于AY，AP，可以用下面的方式来实现 CDS 序列下载，但是对于样本量大的序列分析比较低效这里的cds是可以点击的链接，点击

会有详细信息展示，点击 fasta 链接来下载序列

4.2 对于NC，NM，可以用下面的方式来实现 CDS 序列下载，同样对于样本量大的序列分析比较低效

4.3 通过爬虫实现自动化，但是成本比较高，而且加重 NCBI 服务器负担，搞不好IP就会被封掉

4.4 用 BioPython 的 Entrez.efetch(db=“nuccore”, id=ids, rettype="fasta_cds_na ", retmode=“text”) 方法实现。但是经过实际调用，并没有什么效果。但是可以利用它来下载genbank序列后续实现自动化提取