html两个文件互作超链接,KEGG使用教程

最近要学KEGG，先粘2个有用的内容存档。

http://www.doczj.com/doc/8454e393cf2f0066f5335a8102d276a2002960f3.html/?wz457.html以下是我归纳出的使用KEGG方法敲门，供给大家参考使用

KEGG数据库一个主要用途就是查询分析pathway，然而直接通过网页打开的是一个图片形式的数据。如下介绍如何利用下载的数据，以及使用软件VisANT(首先需要安装java虚拟机，太大了请自己去网上下载)来分析KEGG数据。

以人类MAPK通路(编号hsa04010)为例：

一、如何确定一组基因(蛋白)是否在MAPK通路中？

通过ftp下载人类hsa04010相关的所有数据。找到hsa04010.gene这个文件，其中包含的就是geneid，gene name，gene的描述，通过这个表就能确定哪个基因是在这个通路中了。

二、如何确定一组基因(蛋白)互作是否在MAPK通路中？

１、首先通过

http://www.genome.jp/kegg/xml/

KEGG regulatory pathways linked to KO ，

http://www.genome.jp/kegg/KGML/KGML_v0.6.1/ko/ko04010.xml

下载MAPK通路的xml格式的数据，并保存为xml文件，hsa04010.xml

２、使用VisANT软件(http://www.doczj.com/doc/8454e393cf2f0066f5335a8102d276a2002960f3.html/)进行分析，步骤如下：

(1)打开后，点击左边按钮Clear，清除以前的文件

(2)点File—open：打开hsa04010.xml文件，这时出现MAPK调控网络。

(3)点File—Export as Tab-Delimited File—All:之后将在网页上出现如下格式的数据：

K04463 K04464 1 M9999 0.0

K02308 K04426 1 M9999 0.0

K04371 K04376 1 M9999 0.0

K04375 K04379 1 M9999 0.0

将此数据copy下来，命名为KO2KOppi

这里的K0……编号意思是：KO(KEGG Orthology) ID

(4)打开表：hsa04010.orth,将其中的分号；全部替换为Tab符号，将全部的逗号替换为Tab符号，之后用xls打开。除去所有没有KO编号对应的行，我们得到了KO编号对gene name的表，命名为KO2GENE。

(5)通过表KO2KOppi与表KO2GENE对应后，可以得到gene2gene的互作数据。

(6)使用这个gene2gene互作的这个表可以确定要研究的互作数据是不是在MAPK通路中。