KEGG数据库

简介

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个整合了基因组、化学等信息的综合性数据库。KEGG拥有多个子数据库，包含通路、基因组、生化反应、生化物质、疾病与药物等。

KEGG数据库构成

• KEGG数据库包括15个主要数据库

 

•  15个数据库的主要内容概括如下

KEGG中的各种编号是什么意思？

KEGG中有形如map00020的3字母前缀加数字的编号类型，各种前缀的含义如下：

• map：手绘的代谢通路图， 图中的点同时代表：基因、基因编码蛋白、酶参加的反应
• ko：也为代谢通路，但是这个通路不分物种，相当于各物种共享通路
• org：物种特异性通路，如hsa
• EC：通路中酶
• K：代表基因，是ko通路的基本单位，且为所有物种某一同源基因的统称
• C：通路中化合物
• R：通路中化学反应
• M：人工定义的功能单元的集合

 更多详细信息以及如何看懂KEGG中的信号通路可参考：

一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图 - 知乎目录一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说 KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库…https://zhuanlan.zhihu.com/p/96008506