openmpi安装_amber的安装补充手动安装补丁

amber的安装补充--手动安装补丁

作者：朱宁

来源：大科研小分享

前言

在前两期的推文中，笔者演示了amber18在ubuntu系统下的安装。同时笔者在陆续给其他电脑安装amber18的过程中，发现了一些问题，那就是编译的时候，通过终端联网自动更新amber和ambertools的补丁经常失败，而且可能给后续安装造成一定的问题。在这篇推文中，笔者将分享手动安装补丁的过程，需要可自取。手动安装补丁的步骤应在解压完amber安装包之后，编译之前。

一、补丁下载

如图所示，笔者安装的版本amber18+ambertools19。由于是外网，网速较慢，在下载补丁的过程中会经常因网络原因而失败，点击继续下载即可。当然，在本文末尾笔者会分享补丁文件。

二、安装补丁

如图，首先，我们把amber18和ambertools19的补丁文件，复制粘贴到amber的解压目录，然后分别安装补丁。笔者将命令分别写入两个脚本，即amber-update.sh和ambertools-update.sh。

安装amber18的补丁，终端输入：

chmod +x amber-update.sh #给脚本执行权限./amber-update.sh #安装补丁

安装完补丁，可删除补丁文件和命令脚本

安装ambertools19的补丁同上。

安装完补丁后，我们编译时(./configure)，终端更新应用补丁选择N就行。

三、amber安装的一些问题

如图，在推文amber在ubuntu系统下的安装(一)第3节中，笔者忘记了码上安装并行程序openmpi的命令，这里提一下。

在安装编译程序包时，当运行命令：

sudo apt -y update

如果出现有n个软件包，可升级，一定要升级。

如果补丁全部安装上了，编译所需的程序包也安装好了，编译还是出错，多半是网络原因，重新运行编译命令即可。

补丁包和命令脚本的获取：后台回复 amber补丁 即可获取

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