Amber安装并行

花费了将近一天的时间来安装Amber12的并行,调bug调到最后都有点让人抓狂了!

 

现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。

1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的

这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话:

mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1`

2. 下载完成之后进行解压
一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录

3. 运行./configure_openmpi

 安装完成之后一定要设置环境变量

这里还有一 个小小的问题,如果不注意又要耽误很长的时间去调bug,真是烦人。

Intel和openmpi中都有mpirun这个脚本,你可以用> which   mpirun测试一下就会发现出现的是intel中的mpirun

为了能让程序自动识别opemmpi中的mpirun,所以就稍微做一下改动,将intel中的那个mpirun随便换一个名字就

哦了。

 

4.回到$AMBERHOME家目录:

  ./configure -mpi  gnu

5. 运行命令

  make install

 

6. 如果编译过程中出现

Fatal Error: File 'netcdf.mod' opened at (1) is not a GFORTRAN module file

这个错误需要回到$AMBERHOME/include文件夹内,把所有的netcdf.*文件全部删除,然后再重复上面的步骤

4和步骤5

 

 

 

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ambertool手册

2014年10月13日 9.07MB 下载

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