linux输入文件后clustalw,合并提取后的domain序列之后，linux系统中的clustalw不能读出蛋白信息...

根据下面的脚本操作：

#提取结构域序列，最后的evalue值根据实际情况可调,注意脚本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推

perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28

把WRKY_domain.fa和WRKY_domain2.fa的序列copy到同一个fasta文件中(用Editplus软件，复制两个文件的序列粘贴到一个新建文件中)，clustalw不能读出蛋白信息。如下图：第一张图是Sequence Input From Disc输入的WRKY_domain.fa文件，回车后可以出现序列对应的蛋白名称和AA长度；第二张图是Sequence Input From Disc输入的合并后的domain.fa文件 sequence is pearson下面显示的是空白，没有蛋白相关信息。

请问如何操作处理？怎样将把WRKY_domain.fa和WRKY_domain2.fa两个文件的序列正确合并？