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资料
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GROMACS
教程
一
Gromacs
基本模拟流程
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3
1
下载
pdb
文件
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3
2
用
pdb2gmx
处理
pdb
文件
...............................................................
3
3
建立盒子
.............................................................................................
3
5
设置能量最小化
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..................................................................................
4
6
用
grompp
程序进行文件处理
..............................................................
6
7
使用
genion
和
tpr
文件添加离子
........................................................
6
8
用
fws_ion.pdb
来产生能量最小化的输入文件
......................................
6
9
在后台运行能量最小化(在命令后加
&
)
..............................................
7
二
设置位置限制性动力学模拟
......................................................................
7
三
设置非限制性动力学模拟
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.........................................................................
9
1
如何重启一个计算
............................................................................... 11
2
如何延长一个计算
.............................................................................. 11
3
如何设置并行计算
.............................................................................. 11
五
模拟结果分析
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........................................................................................ 12
1
如何将特定帧的轨迹保存成
*.pdb
文件
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............................................... 12
2
用
ngmx
观察轨迹文件(也可以用
VMD
观察轨迹文件
)
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..................... 12
3
比较常用的分析工具
.......................................................................... 14
3.3 g_covar
计算斜方差
.................................................................. 16
3.4 g_energy
能量数据作图,如压力、体积、密度等
..................... 16