Gromacs安装教程及一些思考，2024年最新思维导图+源代码+笔记+项目

先自我介绍一下，小编浙江大学毕业，去过华为、字节跳动等大厂，目前阿里P7

深知大多数程序员，想要提升技能，往往是自己摸索成长，但自己不成体系的自学效果低效又漫长，而且极易碰到天花板技术停滞不前！

因此收集整理了一份《2024年最新Golang全套学习资料》，初衷也很简单，就是希望能够帮助到想自学提升又不知道该从何学起的朋友。

既有适合小白学习的零基础资料，也有适合3年以上经验的小伙伴深入学习提升的进阶课程，涵盖了95%以上Go语言开发知识点，真正体系化！

由于文件比较多，这里只是将部分目录截图出来，全套包含大厂面经、学习笔记、源码讲义、实战项目、大纲路线、讲解视频，并且后续会持续更新

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正文

下面我们一个一个的介绍这些。

如果不想把gromacs安装到默认的目录，想要自定义安装目录，可以在cmake命令后面加-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs，加下划线的就是你想自定义安装的目录。

cmake … -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs

如果发现cmake找不到一些库文件和头文件，可以使用下面的参数：

• CMAKE_INCLUDE_PATH for header files
• CMAKE_LIBRARY_PATH for libraries
• CMAKE_PREFIX_PATH for header, libraries and binaries (e.g. /usr/local).

如果想使用GPU加速，可以使用下面的参数：

cmake … -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

这个需要我们提前安装好cuda。

如果不是Nvdia的显卡，是AMD或者Intel的显卡，我们就不能使用CUDA了，这时我们可以使用OpenCL来加速。可以使用下面的命令：

cmake … -DGMX_GPU=OpenCL
cmake … -DGMX_GPU=OpenCL -DGMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE=4
cmake … -DGMX_GPU=OpenCL -DclFFT_ROOT_DIR=/path/to/your/clFFT -DGMX_EXTERNAL_CLFFT=TRUE

上面的几种命令行情况需要根据不同的情况去使用。

一般来说，gromacs的安装都是使用的动态链接，如果你想使用静态链接，那可以参考下面的使用方法。

Dynamic linking of the GROMACS executables will lead to a smaller disk footprint when installed, and so is the default on platforms where we believe it has been tested repeatedly and found to work. In general, this includes Linux, Windows, Mac OS X and BSD systems. Static binaries take more space, but on some hardware and/or under some conditions they are necessary, most commonly when you are running a parallel simulation using MPI libraries (e.g. Cray).

• To link GROMACS binaries statically against the internal GROMACS libraries, set -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF.
• To link statically against external (non-system) libraries as well, set -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON. Note, that in general cmake picks up whatever is available, so this option only instructs cmake to prefer static libraries when both static and shared are available. If no static version of an external library is available, even when the aforementioned option is ON, the shared library will be used. Also note that the resulting binaries will still be dynamically linked against system libraries on platforms where that is the default. To use static system libraries, additional compiler/linker flags are necessary, e.g. -static-libgcc -static-libstdc++.
• To attempt to link a fully static binary set -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF. This will prevent CMake from explicitly setting any dynamic linking flags. This option also sets -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF and -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON by default, but the above caveats apply. For compilers which don’t default to static linking, the required flags have to be specified. On Linux, this is usually CFLAGS=-static CXXFLAGS=-static.

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这次重新看gromacs的安装过程，发现如果想要对gromacs有一个非常深入的理解的话，那需要有不错的计算机基础（果然计算机是YYDS）。

当然这次重新看gromacs的安装教程，又让我不禁感叹英文manual讲的详细又清楚。以前因为自己英语的原因，好像总有点对英文材料有点抗拒，倒不是看不懂，而是没有看中文材料那么清晰和迅速。这次也让我重新了解到阅读英文材料的重要性，尤其是有关计算机，开源软件的使用等方面。

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为了内容的完整性，在安装完gromacs之后，我们安装惯例来对gromacs的使用进行一点了解。

gromacs User guide官方地址：https://manual.gromacs.org/documentation/2021.5/user-guide/index.html

安装好gromacs之后，在命令行中键入

gmx -version

来测试一下是否正确安装了gromacs。以我的为例，我在键入gmx -version之后，显示的信息如下：

😃 GROMACS - gmx, 2021.5 (-:

GROMACS is written by:
Andrey Alekseenko Emile Apol Rossen Apostolov
Paul Bauer Herman J.C. Berendsen Par Bjelkmar
Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra
Gilles Gouaillardet Alan Gray Gerrit Groenhof
Anca Hamuraru Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang
Aleksei Iupinov Christoph Junghans Joe Jordan
Dimitrios Karkoulis Peter Kasson Jiri Kraus
Carsten Kutzner Per Larsson Justin A. Lemkul
Viveca Lindahl Magnus Lundborg Erik Marklund
Pascal Merz Pieter Meulenhoff Teemu Murtola
Szilard Pall Sander Pronk Roland Schulz
Michael Shirts Alexey Shvetsov Alfons Sijbers
Peter Tieleman Jon Vincent Teemu Virolainen
Christian Wennberg Maarten Wolf Artem Zhmurov
and the project leaders:
Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright © 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright © 2001-2019, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS: gmx, version 2021.5
Executable: /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Working dir: /code/gromacs-2021.5/build
Command line:
gmx -version

GROMACS version: 2021.5
Precision: mixed
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support: disabled
SIMD instructions: AVX_512
FFT library: fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
RDTSCP usage: enabled
TNG support: enabled
Hwloc support: disabled
Tracing support: disabled
C compiler: /usr/bin/cc GNU 9.3.0
C compiler flags: -mavx512f -mfma -Wno-missing-field-initializers -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG
C++ compiler: /usr/bin/c++ GNU 9.3.0
C++ compiler flags: -mavx512f -mfma -Wno-missing-field-initializers -fexcess-precision=fast -funroll-all-loops -fopenmp -O3 -DNDEBUG

可以看到这些信息包括了开发人员（感谢），gromacs软件版本，安装目录，以及对一些库的支持情况，C/C++编译器版本等。这时我们可以知道我们的gromacs安装成功了。

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

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