走过一些弯路，将这份gromacs安装手册送给大家！

本次安装的版本为gromacs2018。同时也包括需要搭配使用的有cmake3.4.3、FFTW3.3.8，openmpi1.7.5

一、cmake安装
 

cd XXX（自己的工作目录下）

tar xzvf cmake-3.4.3.tar.gz

cd cmake-3.4.3

./bootstrap        

gmake

make install

#如果输入make install显示file cannot create directory,说明你需要修改camke默认安装目录，否则没法正常安装，将make install命令改为

make DESTDIR=/XXX/XXXX  install          #XXX代表你自己的目录

在bashrc文件中添加环境变量：

#camke
export PATH=/XXX/cmake343/usr/local/bin:$PATH  （输入自己安装目录下的bin就可以）

完成后， 

source ~/.bashrc

以下，然后输入cmake --version  显示以下图：

表明cmake安装完毕。

二、安装FFTW库

安装版本为3.3.8，可以在http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz下载。
 

tar xzvf fftw-3.3.8.tar.gz

cd fftw-3.3.8

./configure --prefix=/XXX/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared

#表明fftw被安装到指定目录下的fftw338文件夹中

make -j install 

三、安装gromacs

下载GROMACS 2018.8压缩包，地址为ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.8.tar.gz。
纯CPU版：

tar xzvf gromacs-2018.8.tar.gz

cd gromacs-2018.8

mkdir build
cd build

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx/gmx2018 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF  #（自己命名的文件夹）

make install -j

#可以看出上述安装中，fftw是off选项，如果不想自己安装，可以改成ON，但是可能会出错，推荐自己安装

GPU加速版：

在安装GROMACS之前先提前安装好CUDA（例如10.1的版本），并添加到环境变量里。然后在下面这步加上

-DGMX_GPU=ON 即可自动安装GPU加速的版本。

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx/gmx2018 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DGMX_GPU=ON

修改bashrc文件，添加环境变量

#gromacs2018
export PATH=/XXX/gmx2018/bin:$PATH

添加后，source .bashrc后。使用命令gmx --version查看是否安装完成，如果安装好，则显示下图。

若安装的版本为GPU加速版，在GPU support会显示：CUDA

 四、安装openmpi

本次安装版本为1.7.5

tar xzvf openmpi-1.7.5.tar.gz

cd openmpi-1.7.5

./configure --prefix=/XXX/openmpi

make all install -j

安装完成后，进入bashrc，添加环境变量

export PATH=$PATH:/XXX/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/XXX/openmpi/lib

保存并退出后，source bashrc以下。

测试：
 

cd /xxx/openmpi-1.7.5/examples

make

mpirun -np 4 hello_c

若正常输出，则安装成功。