系统发育树的生成与美化（MEGA7和iTOL）--1.MEGA7生成系统发育树

#小白学习生成系统发育树

1.序列准备-本文中的数据LOC号是在文献中的附件中所找到的，然后在Phytozome v13中逐个查找氨基酸序列，需要输入所查找的物种名称，以及基因号，如下图所示：

 

下滑看到蛋白质序列

然后将蛋白质序列复制黏贴到记事本上(大家有什么更好的方法，评论区分享以下哈)，格式如下：

 >后面的注释是该序列的名称，可以根据需求更改

序列查找完成后先保存为txt格式，重命名更改为fasta格式；

2.建树前的准备-序列比对，点击 MEGA 主窗口上的 File → Open A File →找到并打开 *.fasta,将出现以下窗口：

 选择Align by ClustalW

选择默认设置，点击OK生成比对文件

 

 选择Data→Export alignment→MEGA Format

 生成系统发育树，在这里选择的是最近邻居法，点击Phylogeny→Construct /Test  neighbor-joining tree

 选择*.meg文件

 

生成系统发育树

 根据需求更改形状

Ctrl+S保存,Export current tree(Newick) 

方便之后导入iTOL进行美化

iTOL的使用下次再写哈，欢迎在评论区讨论