centos安装anaconda_CRISPRCasFinder软件安装指北（无需超级用户权限）

课题需要用到CRISPRCasFinder软件，没想到它依赖的包比较多，而且官方的安装脚本需要sudo权限，折腾了我一阵。在此记录一下安装过程供大家参考。

软件也提供了container的版本，理论上更为便捷。但自己没用过singularity container，加上没想到这个安装会这么曲折，踏上了standalone版本的漫漫路。

系统：CentOS

软件版本：CRISPRCasFinder v4.2

前置软件：已安装Anaconda或Miniconda，其他那些EMBOSS啊，Perl啊都没装过

太长不看版

注意：这是根据自己的安装过程进行调整推断得到的，请大家谨慎使用，并欢迎讨论与反馈。

首先，在软件网站或对应的GitHub网页下载压缩包并解压（直接下载到服务器上某一安装文件夹）。

CRISPR-CAS++​crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr

https://github.com/dcouvin/CRISPRCasFinder​github.com

看看README，对于CentOS, 他们提出要先安装conda，这里默认大家用过，不会请自行搜索安装。

创建一个python2环境（>=2.7 & <3.0）并进入（重要！有一个软件python3不支持）

运行installer bash脚本

注意：官方给出的脚本使用了多次sudo，这里我对官方脚本进行了改写，见文章最后的附件部分。或者网盘下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1Eb89N_o1w1vYq4z407_0Aw

提取码：tfyf

安装完成后，在CRISPRCasFinder.pl所在文件夹（应该就是安装包解压缩的文件夹）运行测试

perl CRISPRCasFinder.pl -in install_test/sequence.fasta -cas -cf CasFinder-2.0.3 -def G -keep

应该会生成Results开头的文件夹，进入TSV子文件夹，把内容与intall_test文件夹的表格进行比较，如果相同就成功了！

下面，我们可以把这个perl拷贝到一个$PATH里的路径，就不用每次拷贝到当前文件夹或指定路径了

比如安装文件夹下的bin文件夹

之后，在任意文件夹运行时只需要CRISPRCasFinder.pl 接后面参数就行。如果提示so文件问题，需要指定下它的路径（在安装文件夹里）

如果没成功，欢迎往下阅读，也许你跟我遇到过一样的问题……

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曲折的菜鸡debug实录

总结：安装过程，就是不断运行测试，找到问题点，然后解决的过程，等全都走通了就成功了。各个软件包的README，报错内容，还有安装log日志都是非常有用的分析助手。

• 删去sudo运行bash脚本

看到conda一阵高兴，感觉通过conda安装应该不麻烦。（但现在来写这个日志的时候，我发现他们用的是Miniconda2，因此不会出现下面我安装完才发现一个软件需要python2的悲催事情。）

看看bash里的sudo，像这里在自己的文件夹对的话，不用sudo也可以嘛

#create log file:
LOGFILE=$CURDIR/install.log
if [ -e $LOGFILE ]; then rm $LOGFILE ; fi

sudo chmod 755 .
sudo chmod 755 *

看了一圈，索性先把所有的sudo删去试试。

运行删好的bash脚本，开始安装！

有时屏幕提示：You need to be root to perform this command.不过我也没办法暂停搞清楚，软件又继续安装下去了……这个过程太漫长，睡觉了第二天看。

第二天：

! Installing the dependencies failed: Module 'Bio::DB::GenBank' is not installed, Module 'Bio::DB::EMBL' is not installed, Module 'Bio::DB::GenPept' is not installed
! Bailing out the installation for Bio-Procedural-1.7.4.
43 distributions installed
ERRORS/WARNINGS FOUND IN PREREQUISITES.  You may wish to install the versions
of the modules indicated above before proceeding with this installation

Run 'Build installdeps' to install missing prerequisites.

Installation done.
You may need to reinstall some Perl's modules (with command: sudo cpanm ...)
Please type command 'source ~/.bashrc' in order to reload your .bashrc file, then run 'perl CRISPRCasFinder.pl -v' to see if everything is correct.

这里提示有些包没安装上，但看到最后一句话，我决定先测试一下（现在来看，我好像直接把没安上的Perl包跳过了，目前没什么影响）

测试用的是GitHub上给出的

$ perl CRISPRCasFinder.pl -in install_test/sequence.fasta -cas -cf CasFinder-2.0.3 -def G -keep

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# --> Welcome to CRISPRCasFinder.pl