在我的应用程序中,我正在尽可能地从R转换为原生Python(scipy+matplotlib),最大的任务之一是从R heatmap转换为matplotlib heatmap。This post引导我进行移植。虽然大部分是无痛的,但我仍然不相信彩色地图。
在显示代码之前,有一个解释:在R代码中,我定义了“中断”,即从最低值到10的固定点数,理想情况下以数据的中值为中心。这里的等价物是numpy.linspace:# Matrix is a DataFrame object from pandas
import numpy as np
data_min = min(matrix.min(skipna=True))
data_max = max(matrix.max(skipna=True))
median_value = np.median(matrix.median(skipna=True))
range_min = np.linspace(0, median_value, 50)
range_max = np.linspace(median_value, data_max, 50)
breaks = np.concatenate((range_min, range_max))
这给了我们100分,将用于着色。但是,我不确定如何在Python中做完全相同的事情。目前我有:def red_black_green():
cdict = {
'red': ((0.0, 0.0, 0.0),
(0.5, 0.0, 0.0),
(1.0, 1.0, 1.0)),
'blue': ((0.0, 0.0, 0.0),
(1.0, 0.0, 0.0)),
'green': ((0.0, 0.0, 1.0),
(0.5, 0.0, 0.0),
(1.0, 0.0, 0.0))
}
my_cmap = mpl.colors.LinearSegmentedColormap(
'my_colormap', cdict, 100)
return my_cmap
再往下我会:# Note: vmin and vmax are the maximum and the minimum of the data
# Adjust the max and min to scale these colors
if vmin > 0:
norm = mpl.colors.Normalize(vmin=0, vmax=vmax / 1.08)
else:
norm = mpl.colors.Normalize(vmin / 2, vmax / 2)
这些数据完全是经验性的,所以我想把它改成更有力的数据。如何基于中值对颜色贴图进行规格化,或者是否需要进行规格化?