python分子化学模拟_python简单实现gillespie模拟

由于专业需求，需要做主方程的随机模拟。在网上并没有找到适合的Python实现，遂自己写了一个，分享一下源码。至于gillespie算法本身就不介绍了，有需要的读者自然会懂，没需要的读者不建议去懂。

源码#

其实基本的gillespie模拟算法很简单，也很好实现，下面就是一个参考例子：

使用#

为了方便使用，我对反应进行了封装。现在，只需要根据反应式就可以直接进行模拟了，无须额外的编程操作。比如比较简单的基因表达模型：

$$\begin{aligned}DNA &\xrightarrow{\quad 20\quad} DNA + m\\

m &\xrightarrow{\quad 2.5\quad} m + n\\

m &\xrightarrow{\,\quad 1\,\,\quad} \phi\\

n &\xrightarrow{\,\quad 1\,\,\quad} \phi

\end{aligned}$$

这里$m,n$分别代表mRNA和蛋白质的数目，$\phi$是空，意味着降解或者“无中生有”。其中第一个反应可以简化为$\phi \xrightarrow{\quad 20\quad} m$，所以实际上是两种反应物$m,n$的四个反应式。

然后就可以统计画图：

结果为：

蛋白质随时间的变化(轨线)

蛋白质的统计分布

更详细的转载事宜请参考：《科学空间FAQ》

如果您还有什么疑惑或建议，欢迎在下方评论区继续讨论。

如果您觉得本文还不错，欢迎分享/打赏本文。打赏并非要从中获得收益，而是希望知道科学空间获得了多少读者的真心关注。当然，如果你无视它，也不会影响你的阅读。再次表示欢迎和感谢！

打赏

微信打赏

支付宝打赏

因为网站后台对打赏并无记录，因此欢迎在打赏时候备注留言。你还可以点击这里或在下方评论区留言来告知你的建议或需求。

如果您需要引用本文，请参考：

苏剑林. (2018, Jun 07). 《python简单实现gillespie模拟 》[Blog post]. Retrieved from https://kexue.fm/archives/5607