rdkit 化学反应高级功能

最新推荐文章于 2024-10-18 09:02:45 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit Recap方法 BRICS分解分子切成片段

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/107053474

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本文介绍了如何利用RDKit库处理化学反应，包括保护原子、分子片段切割（Recap和BRICS方法）以及自定义片段生成。通过对反应物分子的分解和重组，RDKit展示了在化学合成中的应用。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

一、引入所需库
二、保护原子
三、把分子切成片段
- 3.1 Recap方法
- 3.2 BRICS方法
四、组合分子片段--BRICS方法
五、自定义片段生成方法

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

from rdkit.Chem import Recap
from rdkit.Chem import BRICS

二、保护原子

以酰胺反应为例，反应物分子1中含有一个 - COOH ，另一个分子中含有两个 - NH 。之后定义反应模板，然后让其反应。

acid = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O')
base = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)NCCN')
mols = [acid, base]
img = Draw.MolsToGridImage(
    mols,
    molsPerRow=2,
    subImgSize=(200, 200),
    legends=['acid', 'base']
)
img.save('/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol33.jpg')

反应物如下图所示：
在这里插入图片描述

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('')
rxn = AllChem.ReactionFromRxnFile(
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/2d.rxn')
ps = rxn.RunReactants(acid, base