rdkit 化学反应高级功能

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

from rdkit.Chem import Recap
from rdkit.Chem import BRICS

二、保护原子

以酰胺反应为例 ， 反应物分子1中含有一个 - COOH ， 另一个分子中含有两个 - NH 。 之后定义反应模板 ， 然后让其反应 。

acid = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O')
base = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)NCCN')
mols = [acid, base]
img = Draw.MolsToGridImage(
    mols,
    molsPerRow=2,
    subImgSize=(200, 200),
    legends=['acid', 'base']
)
img.save('/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol33.jpg')

反应物如下图所示：

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('')
rxn = AllChem