ACEMD3是一款优化了NVIDIA GPU的生物分子动力学模拟软件，现在也支持CPU计算。本文介绍了ACEMD3的基本功能、安装过程，包括通过Anaconda安装，并提供了运行指南。对于无ACEMD Pro许可证的用户，软件将以基本模式运行在CPU上。
序
ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力场计算。
为了使拥有CPU硬件的用户也能使用该软件，开发人员针对CPU开发了ACEMD3，使得ACEMD支持CPU和GPU生物分子动力学计算。
ACEMD3简介
ACEMD3基于ACEMD 2进行了许多改进，其新功能包括：CPU支持、改进的性能和简化的输入文件等。
如果您没有有效的ACEMD Pro许可证，需要单独通过conda安装，程序将以基本模式运行，使用命令acemd3运行ACEMD3，操作运行于CPU或仅限于系统中的第一个GPU。
如果您拥有ACEMD Pro许可证，则可以在多GPU硬件上运行，可以指定GPU使用数目。如果仅CPU模式下运行，请使用参数 --platform CPU；除非设置了环境变量，否则ACEMD3将尝试使用所有可用的CPU核心。
ACEMD3安装
ACEMD3与HTMD的安装一样，都是通过Anaconda的conda命令进行安装。
安装Anaconda
安装ACEMD3
如果您已经安装过HTMD，按如下命令安装：
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