分子模拟软件amber_分子模拟软件Discovery Studio教程(十)：构建基于受体-配体复合物药效团模型...

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

本章节利刃君为大家带来了使用Discovery Studio 2016构建基于受体-配体复合物的药效团模型教程。

一、蛋白准备

当蛋白受体和其抑制剂复合物的结构已知时，我们可以从其复合物结构中获取抑制剂中对活性贡献较大的基团及其空间分布，因此，构建基于受体-配体复合物的药效团模型对寻找潜在的抑制剂非常有用。

本期教程以信号传导和转录激活因子 3以及其抑制剂为例进行基于受体-配体复合物的药效团模型的构建。点击File>Open URL...，输入PDB ID:6njs，导入蛋白文件（或从PDB数据库下载好晶体结构，再导入至软件中）。