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原创 LAMMPS安装-给新手的建议
给初学者安装LAMMPS软件的建议：1）如果你无从下手，可以到优酷频道看免费的安装视频 iSimuLy的自频道-优酷视频；这样至少让你掌握安装流程2）安装时开始记得make no-all进行安装，如果生成可执行文件说明安装正确3）到LAMMPS官网，查看每个包的功能，然后安装一些自己需要的包，不要所有包都装上，这样执行时会变慢4）有些包需要先在 lib下安装支持包，否则通不过5）安装时，...
2018-09-26 10:42:53
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原创 LAMMPS处理overlap atoms的几个命
如果我们给随机的初始条件，那么原子重叠是不可避免的。模拟的开始必须把重叠原子push开，否则模拟就无法进行了。这和能量最小化有区别，因为推开不一定能量就最小了。如何把原子推开呢，LAMMPS里大概有如下几种方面：pair_style soft command 加上 small timestep, soft style 势使系统即使原子坐标重叠力也不会无穷大，如果加上小的时间步，这样原子一次移动...
2018-10-14 08:49:31
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原创 LAMMPS降(升)温的几个思路
模拟降温，有大致两种办法，一个是连续（升）降温，也就是dt间隔下不停的温度下降（升）；第二种方法是准静态模拟降温，每降低一个温度，跑很长时间；这两种方法大家可以根据自己情况进行模拟。对于第一种方法，只需要进行fix nvt temp 1000 100 …的设置就行了，降温的快慢，由你run N 的N来决定。对于第二种方法提供如下思路，也就是使用循环的方法（升温，降温改小参数，+改成-就行啦）：...
2018-10-14 08:47:58
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原创 分子动力学模拟视频
模拟小窝云课堂系列是一线科研人员（iSimuLy团队）精心制作的计算模拟技术（分子动力学、分子动力学模拟）入门和提升课程。 课程系列以引导如何自学为目标，解决学什么、怎么学的问题；课程以授“渔”为宗旨。入门课程旨在缩短新手的入门时间，降低入门的门槛，实现新人快速进入自己课题，尽量缩短发表SCI论文周期。2.模拟小窝云课堂系列是苏州爱思慕理(iSimuLy)信息科技有限公司推出的在线教育品牌。...
2018-10-10 10:05:42
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原创 LAMMPS命令行-partition选项的理解
LAMMPS在命令行部分，设置了partition选项，并且在in文件中设置了partition命令来进行辅助处理。一般来说，partition命令用的不多，下面主要介绍下下-partition(或-p)命令行参数的意义和设置。-partition用于唤醒lammps采用多分块模式，这个分块是指把计算用的cup进行分块划分。假设你在并行时用 -n指定了p个CPU内核。那么如果不设置-p，那么...
2018-10-08 20:18:53
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原创 分子动力学模拟技术研讨
科学研究手段中，计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。为更好的推广和传播模拟的方法与技巧。近期有个分子动力学模拟技术的研讨会和LAMMPS培训服务，分享给大家。详细信息可以到www.isimuly.com查看：http://www.isimuly.com/forum.php?mod=viewthread&tid=...
2018-10-08 20:15:36
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原创 LAMMPS-special bonds
新手们总是会困惑，LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中，使用全原子力场，基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面，这个参数特别重要，对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说，稍有不慎，会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣，对模拟影响那么大呢（这里指全原子模拟），且听iSimuLy给你唠叨唠叨。对于这个问题的理解，首先我们大...
2018-10-08 20:12:24
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原创 GROMACS中的组概念
组，顾名思义，就是把某些具有相同特征的事物、或者需要加相同操作的事物放在一起，形成一个group. 在分子动力学模拟中，一般涉及到的组，其实就是把某些原子放在一起，或者建立一个索引（原子id）放在某个文件内，索引名相同的可以认为是一组。GROMACS的MD和分析程序可对用户自定义的原子 组 进行一些操作. 组的最大数目为256, 下面谈谈GMX中的组:1、温度耦合组 对每个组内的原子，可以单独...
2018-10-02 20:01:21
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原创 LAMMPS-用fix nve一定表示NVE系综的模拟么
最近QQ群里有部分小伙伴，问我关于命令和系综的事情，对命令和系综的理解没有到应有的地步，我记得之前在口说LAMMPS命令系列教程（优酷有视频可免费观看）中强调过此事。下面再说一遍。首先要声明的是，或者要强调的是：命令和系综没有直接联系，除非你的in文件里只有一个和系综相关的fix.我们知道，按统计物理的概念来讲，我们常用的模拟系综分NVE（表示系统粒子数、体积、总能量保持不变，是为微正则系综）...
2018-10-02 20:00:26
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原创 如何学分子模拟的软件
当今分子模拟已经成为很多领域学术研究的主流方法。多年前，因为计算量的原因，很多情况下，MC方法是首选，特别是只关心平衡体系，关心相边界行为的时候。随着计算资源的增加、计算成本的降低、一些研究对象的平衡态的体系已经几乎被做烂了，科研工作者慢慢关心动力学行为，非平衡特征，致力于发现新的现象，新的物理规律（总要有事做，有饭吃吧），于是MD越来越普及，用的人也越来越多。除了极端的方法学工作者，一般情况下...
2018-10-02 19:59:14
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原创 善用clear解决group数目限制
为了优化算法，lammps开发人员设置的Group数目是有限制的，总共32个，其中还包含一个默认的all group. 这导致很多使用者在定义Group大于32时，出现了麻烦。如何突破数目限制，这个修改源码也不那么容易，因为要改的代码不仅仅是group.cpp这一个。所以在当你的in文件出现超过32个的时候，要学会替代方法，比如说，可以分割in文件为多个文件，分步进行处理，或者使用clear命令...
2018-10-02 19:57:38
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原创 LAMMPS降(升)温的几个思路
模拟降温，有大致两种办法，一个是连续（升）降温，也就是dt间隔下不停的温度下降（升）；第二种方法是准静态模拟降温，每降低一个温度，跑很长时间；这两种方法大家可以根据自己情况进行模拟。对于第一种方法，只需要进行fix nvt temp 1000 100 …的设置就行了，降温的快慢，由你run N 的N来决定。对于第二种方法提供如下思路，也就是使用循环的方法（升温，降温改小参数，+改成-就行啦）：...
2018-10-02 19:56:51
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原创 分子动力学、LAMMPS、GROMACS视频
科学研究手段中，计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。而这方面的教程并不多，给大家分享一个网络视频教程，微信扫描可以查看...
2018-10-02 19:53:13
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原创 LAMMPS安装全套解决方案
网络上有很多教程教大家安装，但大多有点老旧了，跟不上LAMMPS版本的发展。官网上有ubuntu系统下的预编译版，但完全不推荐；因为LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安装上。全安装上，在一定程度上会影响到计算效率，这有点像你去旅游，背了很多根本用不到的沙袋走路。在任何类Unix操作系统下安装软件，不外乎如下步骤：检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件，并设置路径下面...
2018-10-02 19:49:37
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转载 自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM
分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解，大家拍砖。。要说自由能，先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道，一个被模拟的体系，不论是NPT,还是NVT，它有总能量，这就是内能。内能分为动能和势能两项，势能项还能分解成很多子项，键能，非键作用能，等等，一清二楚的；模拟是否平衡，总能量是否守恒，Plot一下总能，一清二楚的。可...
2018-09-26 10:39:24
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原创 fix SMD计算自由能（PMF）之umbrella抽样
上次介绍了，非平衡做功的方法计算自由能，其实fix smd继承了fixspring的一些功能，也可以进行伞状抽样，进而用wham方法分析，获得比较好的自由能（PMF）曲线。umbrella方法是目前比较成功，且应用比较广的加强抽样方法，在定义反应坐标之后（可以是两个group的距离，或者某一方面上的距离），采用弹簧势限制位置进行抽样即可。伞状抽样，可以克服在高能垒下抽样不充分的缺陷。对于大粒子...
2018-09-26 09:39:40
7617
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空空如也
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