echart 分组堆叠柱状图_ggplot2版聚类物种丰度堆叠图

写在前面

随着研究的逐渐深入，我们对绘图的要求越来越高，各种之前使用的较少的图形如今追求热度和新颖程度，都开始逐渐在大文章中显现。如下图。

这是最近刚发表于Nature Ecology & Evolution中的图1b。如何绘制呢？

Thorsten Thiergart, Paloma Durán, Thomas Ellis, Nathan Vannier, Ruben Garrido-Oter, Eric Kemen, Fabrice Roux, Carlos Alonso-Blanco, Jon Ågren, Paul Schulze-Lefert & Stéphane Hacquard. Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations. Nature Ecology & Evolution 4, 122-131, doi:10.1038/s41559-019-1063-3 (2020).

这次的聚类加物种丰度展示让我们学习一波。之前推出了用R语言的plot绘制的教程。

• R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

但修改细节仍比较麻烦。今天更新基于ggplot2系统的教程。

加载依赖关系

这里的ggtree需要使用19年7月以后的版本，因为这以后的版本才支持将聚类结果转化为树结构。

如果你的Bioconductor版本较旧，可能一直会安装旧版ggtree。升新方法如下：

## 先卸载先前的安装控制程序
remove.packages(c("BiocInstaller", "BiocManager", "BiocVersion"))

## 再安装新版程序
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(update=TRUE, ask=FALSE)

library("ggplot2")
library("ggdendro")
# library(remotes)
library(phyloseq)
library(tidyverse)
library(ggtree)
library( ggstance)
# library(amplicon)
vegan_otu =  function(physeq){
    
  OTU =  otu_table(physeq)
  if(taxa_are_rows(OTU)){
    
    OTU =  t(OTU)
  }
  return(as(OTU,"matrix"))
}

vegan_tax   tax 
  return(as(tax,"matrix"))
}

导入数据

# 从R数据文件中读入