lammps建模_【求助】关于LAMMPS建模 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区

各位版主、大神：

你们好。我想问几个关于LAMMPS建模的基本问题。我知道可能有点简单，但我真的是认真查看过Manual中相关的命令说明之后，仍有一些疑问。我自己想了很久，也问过很多人，但是还是没有解决。

命令来自一个很基础的LAMMPS例子，该例子的全部命令如下：

# Find minimum energy fcc configuration

# Mark Tschopp, 2010

# ---------- Initialize Simulation ---------------------

clear

units metal

dimension 3

boundary p p p

atom_style atomic

atom_modify map array

# ---------- Create Atoms ---------------------

lattice  fcc 4

region box block 0 1 0 1 0 1 units lattice

create_box 1 box

lattice fcc 4 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1

create_atoms 1 box

replicate 1 1 1

# ---------- Define Interatomic Potential ---------------------

pair_style eam/alloy

pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al

neighbor 2.0 bin

neigh_modify delay 10 check yes

# ---------- Define Settings ---------------------

compute eng all pe/atom

compute eatoms all reduce sum c_eng

# ---------- Run Minimization ---------------------

reset_timestep 0

fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001

thermo 10

thermo_style custom step pe lx ly lz press pxx pyy pzz c_eatoms

min_style cg

minimize 1e-25 1e-25 5000 10000

variable natoms equal "count(all)"

variable teng equal "c_eatoms"

variable length equal "lx"

variable ecoh equal "v_teng/v_natoms"

print "Total energy (eV) = ${teng};"

print "Number of atoms = ${natoms};"

print "Lattice constant (Angstoms) = ${length};"

print "Cohesive energy (eV) = ${ecoh};"

print "All done!"

我的问题是：

(1)lattice fcc 4 和 lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1这两句有什么区别？效果不是一样的么？为什么在lattice fcc 4建立格子之后，还要有lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1这句？意义何在？

(2)replicate 1 1 1这句不相当于没有复制么？为什么要写这条命令呢？意义何在？

(3)如果我只想建模，不进行任何计算，然后想在LAMMPS中导出该模型，最后在VMD中查看该模型。那么在整个代码的最后一行需要添加一个怎样的dump语句？(我查过手册中的dump语句，也试过很多次自己写，但是都不对。)

跪求各路大神帮助。小弟在此谢过！