本文介绍了如何利用Materials Studio建立碳纳米管、水分子、钠离子和氯离子的模型，并通过Packmol工具按照特定浓度搭建2M NaCl水溶液体系。在298K室温下，模拟了一个8nm×8nm×8nm的系统，包含不同直径的碳纳米管。最后，通过运行packmol.in文件生成pdb结构文件，并在OVITO中进行可视化检查。
这 周学习了LAMMPS分子动力学模拟中初始模型的构建，主要有两种建模方法，一种是利用LAMMPS内置的命令建模，另外也可以通过外部程序建模，今天主要介绍如何通过外部程序进行建模。
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模型参数
模拟采用2M浓度的NaCl水溶液作为电解质，刚性的SPC/E水分子模型，碳纳米管采取了Parm99力场，模拟在室温298K下进行，体系大小为 8nm×8nm×8nm，碳纳米管的长度为6nm，碳纳米管的半径分别为 0.40nm、0.54nm、0.67nm、0.81nm。
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模型构建
首先，对这个模型进行分析，它是由两部分组成，一是不同直径的碳纳米管，另一部分是氯化钠水溶液。先通过Materials studio软件分别建立单个的纳米管，钠离子，氯离子，水分子模型，然后输出为.pdb格式，再通过文献中给出的浓度计算出所需要的各类原子数目，就可以用packmol进行模型搭建。
(1)建立不同直径的纳米管：
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