java sch_Needleman Wusch算法全局比对（Java）

该代码对回溯步骤进行简化，仅返回一个最优解，但是该方法简单，适合初级编程者，自学所用。

源代码：

/*Needleman Wunsch是一个全局比对算法，可用于DNA和蛋白质序列的全局比对*/

public class Needleman_Wunsch {

/*全局变量用于回溯是的指针*/

static int l=0;

public static void main(String[] args) {

/*比对的两列字符串*/

String t="GCGCAATG";

String p ="GCCCTAGCG";

/*创建H矩阵用于打分，成为打分矩阵，创建D矩阵用于回溯，成为指针矩阵或者方向矩阵*/

int tlen=t.length();

int plen=p.length();

int [][] h=new int[tlen+1][plen+1];

int [][] d=new int[tlen+1][plen+1];

/*初始化矩阵，第一列或行为deletion后者insert,扣分2*/

for(int i=0;i<1;i++){

for(int j=0;j

h[i][j]=-2*j;

d[i][j]=3;

}

}

for(int j=0;j<1;j++){

for(int i=0;i

h[i][j]=-2*i;

d[i][j]=1;

}

}

/*动态规划用于打分*/

for(int i=1;i

for(int j=1;j

/*分值：mismatch(失配)-1，deletion(缺失)/inserting(插入)-2，match(匹配)1，*/

int  s1=-2,s2=0,s3=-2;

if(t.charAt(i-1)==p.charAt(j-1)){

s2=1;

}else{

s2=-1;

}

h[i][j]=maximum(h[i-1][j]+s1,h[i-1][j-1]+s2,h[i][j-1]+s3);

d[i][j]=l;

}

}

/*输出打分矩阵*/

System.out.println("score matrix:");

for(int i=0;i

for(int j=0;j

System.out.printf("%4d",h[i][j]);

if(j!=0&&j%plen==0){

System.out.println();

}

}

}

/*输出索引矩阵*/

System.out.println("index matrix:");

for(int i=0;i

for(int j=0;j

System.out.print(d[i][j]+" ");

if(j!=0&&j%plen==0){

System.out.println();

}

}

}

/*输出结果*/

System.out.print("Target sequence:");

String result =get_back(t,p,d);

for (int i=0;i

System.out.print(result.charAt(i)+" ");

}

System.out.println();

System.out.print("Source sequence:");

for (int i=0;i

System.out.print(p.charAt(i)+" ");

}

}

/*求最大值的方法*/

public static int maximum(int a,int b,int c){

int max =a;

l=1;

if(a

max=b;

l=2;

if(b

max=c;

l=3;

}

}else if(a

max=c;

l=3;

}

if(max==a&&max==b){

l=4;

}else if(max==a&&max==c){

l=5;

}else if(max==b&&max==c){

l=6;

}

if(max==a&&max==b&&max==c){

l=7;

}

return max;

}

/*回溯方法*/

public static  String get_back(String t,String p,int[][] d){

int i=t.length();

int j=p.length();

StringBuffer sb = new StringBuffer();

while(i>=0&&j>0){

int start = d[i][j];

switch(start){

case 1:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;break;

case 2:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;

case 3:sb.insert(0, '-');j=j-1;break;

case 4:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;

case 5:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;break;

case 6:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;

case 7:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;

}

}

String result =sb.toString();

return result;

}

}