复选框工具8.7——Needleman Wusch算法全局比对

最新推荐文章于 2023-11-24 00:06:35 发布

正一降圣威盟箓

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分类专栏： Java基础

本文链接：https://blog.csdn.net/zyl042/article/details/98759187

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Needleman-Wunsch算法是一种经典的全局序列比对方法，用于比较DNA或蛋白质序列的同源性。它通过二维表格计算最佳比对，考虑匹配、不匹配和空格的情况。算法初始填充第二行和第二列，然后逐个填充其余单元格，选择得分最高的路径。最终从右下角单元格回溯得到比对字符串和得分。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Needleman Wusch算法

是经典的全局比对算法，用于比对两条DNA序列或者蛋白质序列的同源性或者说相似性；

全局序列比对： 尝试找到两个完整的序列 S1 和 S2 之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCG S2=GCGCAATG 如果设定每个匹配字符为1分，每个空格为-2分，每个不匹配为-1分，则下面的比对就是全局最优比对：S1'=GCCCTAGCG S2'=GCGC_AATG,连字符“_”代表空格。在 S2' 中有五个匹配字符，一个空格（或者反过来说，在 S1' 中有一个插入项），有三个不匹配字符。这样得到的分数是 (5×1) + (1×-2) + (3×-1) = 0，这是能够实现的最佳结果。

局部序列比对： 不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。使用同样的序列 S1 和 S2，以及同样的得分方案，可以得到以下局部最优比对 S1'' 和 S2''：S1=GCCCTAGCG S2=GCGCAATG S1''=GCG S2''=GCG，虽然这个局部比对恰好没有不匹配字符或空格，但是一般情况下，局部比对可能存在不匹配字符或空格。这个局部比对的得分是 (3×1) + (0×-2) + (0×-1) = 3。（最佳局部比对的得分要大于或等于最佳全局比对的得分，这是因为全局比对也属于局部比对)

百度经验：https://jingyan.baidu.com/article/358570f6b545cace4724fcbb.html

Needleman Wusch算法全局比对（Java）

该算法用来计算全局比对。它的思路与 LCS 算法相似。这个算法也使用二维表格，一个序列沿顶部展开，一个序列沿左侧展开。而且也能通过以下三个途径到达每个单元格：1.来自上面的单元格，代表将左侧的字符与空格比对。2.来自左侧的单元格，代表将上面的字符与空格比对。3.来自左上侧的单元格，代表与左侧和上面的字符比对（可能匹配也可能不匹配）。该单元格的值来自于一下3个中的最大值：（1）上方的值-2 （2）左边的值-2 （3）如果该单元格所在的行于所在的列对应的字符相等，则为左上值加1，否则为左上值-1。

首先，必须初始化表格。这意味着填充第二行和第二列的分数和指针。填充第二行的操作意味着使用位于顶部的第一个序列中的字符，并使用空格，而不是使用左侧从上到下的序列中的第一个字符。空格的扣分是 -2，所以每次使用空格的时候，就给以前的单元格加了 -2 分。以前的单元格是左侧的单元格。这就说明了在第二行中为什么得到了 0, -2, -4, -6, ... 这样的序列。用相似的方式得到第二列的得分和指针.

接下来，需要填充余下的单元格。同 LCS 算法一样，对于每个单元格，都有三个选择，要从中选择最大的。可以从上面、左侧、左上侧到达每个单元格。假设 S1 和 S2 是要比对的字符串，S1' 和 S2' 是生成的比对中的字符串。从上面到达单元格相当于将左面的字符从 S2 加入 S2'，跳过上面的 S1 中的当前字符，并在 S1'中加入一个空格。因为一个空格的分数是 -2，所以当前单元格的得分要从上面的单元格得分减 2 得到。类似的，将左边的单元格得分减 2，可以从左侧到达空单元格。

最后，可以将上面的字符加入到 S1' 中，将左边的字符加入到 S2' 中。这就相当于从左上侧进入空白单元格。这两个字符将会匹配，在这种情况下，新的得分就是左上侧单元格的得分减 1。在这三种可能性当中，选择得分最大的一个（如果得分相等，可以从得分高的单元格中从任选一个）。接下来，需要得到实际的比对字符串S1' 和S2'以及比对的得分。右下角单元格中的得分包含 S1 和 S2 的最大比对得分，就像在 LCS 算法中包含 LCS 的长度一样。而且，与 LCS 算法类似，要获得 S1' 和 S2'，要从右下角单元格开始沿着指针回溯，反向构建 S1' 和 S2'。从表格的构建过程可知，从上向下对应着将左侧字符从 S2 加入到 S2' 中，将空格加入 S1' 中；从左向右对应着将上面的字符从 S1 加入到 S1' 中，将空格加入 S2' 中；而向下和向右移动意味着分别将来自S1 和 S2 的字符加入 S1' 和 S2'

代码：


import java.awt.Component;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.event.KeyEvent;
import java.awt.event.KeyListener;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;

import javax.swing.JScrollPane;
import javax.swing.JTree;
import javax.swing.table.DefaultTableModel;
import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;

import org.dom4j.Attribute;
import org.dom4j.Document;
import org.dom4j.Element;
import org.dom4j.io.SAXReader;

import com.highgo.Test.XMLDemo1;

import java.io.InputStream;
import java.util.Iterator;
import org.dom4j.Attribute;
import org.dom4j.Document;
import org.dom4j.DocumentException;
import org.dom4j.Element;
import org.dom4j.io.SAXReader;

/*
 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
 * To change this template file, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */

/**
 *
 * @author Highgo
 */



public class CheckboxSwing extends javax.swing.JFrame {

	/**
	 * 
	 */
	private static final long serialVersionUID = 1L;

	/**
	 * Creates new form CheckboxSwing
	 * 
	 * @throws IOException
	 */
	public CheckboxSwing() throws IOException {
		this.setTitle("CheckboxSwing");
		initComponents();
		inittable();
		this.setLocationRelativeTo(null);

	}

	private CheckboxSwing getThis() {
		return this;
	}



	private String filepath = null;
	private String comppath = null;
	private String resultpath = null;
	private void dathinit()  {

		jTabcheckbox.getModel();

		getXml();

		jTextArea1.append(filepath);

		if (filepath == null || filepath.trim().equals("")) {
		} 
		else {
			traverseFolder(filepath,0);
		}
	}

	private void getXml() {

		SAXReader reader = new SAXReader();

		try {
			InputStream is = new FileInputStream("../filedath.xml");

			Document doc= null;
			doc = reader.read(is);

			Element root = doc.getRootElement();
			int i = 0;
			Iterator<Element> it = root.elementIterator();
			while(it.hasNext()){
				Element e = it.next();//获取子元素

				//Attribute idAttr = e.attribute("id");
				//String id = idAttr.getValue();
				//System.out.println(id);

				//通过元素对象获取子元素对象
				Element nameElement = e.element("name");
				//获取元素中的文本内容
				if(i == 0) {
					filepath = nameElement.getText();
					//System.out.println(filepath);
				}
				if(i == 1) {
					comppath = nameElement.getText();
				}
				if(i == 2) {
					resultpath = nameElement.getText();
				}
				i++;
			}   
			
		} catch (DocumentException | FileNotFoundException e1) {
			// TODO Auto-generated catch block
			e1.printStackTrace();
		} 

	}


	private   DefaultMutableTreeNode traverseFolder(String path,int n) {
		DefaultMutableTreeNode temp;


		DefaultTableModel model = (DefaultTableModel) jTabcheckbox.getModel();
		DefaultMutableTreeNode fujiedian = new DefaultMutableTreeNode(new File(path).getName());
		File file = new File(path);
		if (file.exists()) {
			if(file.isDirectory()) {
				File[] files = file.listFiles();
				if (files.length == 0) {
					if(file.isDirectory()) {//如果是空文件夹
						DefaultMutableTreeNode dn = new DefaultMutableTreeNode(file.getName(), false);
						return dn;
					}
				}else{
					for (File file2 : files) {
						if (file2.isDirectory()) {
							//是目录的话，生成节点，并添加里面的节点
							if( n < 5) {
								n++;
								fujiedian.add(traverseFolder(file2.getAbsolutePath(),n));
							}
						}else{
							//是文件的话直接生成节点，并把该节点加到对应父节点上

							try {
								String fileName = file2.getName();
								String fapat = file2.getCanonicalPath();

								model.addRow(new Object[] { true, model.getRowCount() + 1 ,fileName,fapat});
								temp = new DefaultMutableTreeNode(file2.getName());
								fujiedian.add(temp);	
							} catch (IOException e) {
								// TODO Auto-generated catch block
								e.printStackTrace();
							}	

						}
						javax.swing.tree.DefaultTreeModel dm = new DefaultTreeModel(fujiedian);
						// 将模型设给树,树上显示的将上前面所加载的节点
						jTree.setModel(dm);
					}
				}
			} else {
				//model.addRow(new Object[] { true, model.getRowCount() + 1 ,file.getName()});
			}
		} else {//文件不存在
			return null;
		}
		return fujiedian;

	}

	private void inittable()  {

		DefaultTableModel model = (DefaultTableModel) jTabcheckbox.getModel();




		jTree.setModel(null);
		jBAll.addActionListener(new ActionListener() {
			public void actionPerformed(ActionEvent e) {
				for (int i = 0; i < model.getRowCount(); i++) {
					model.setValueAt(Boolean.valueOf(true), i, 0);
				}

			}
		});

		jBAllNot.addActionListener(new ActionListener() {
			public void actionPerformed(ActionEvent e) {
				for (int i = 0; i < model.getRowCount(); i++) {
					model.setValueAt(Boolean.valueOf(false), i, 0);
				}
			}
		});

		jBClear.addActionListener(new ActionListener() {
			public void actionPerformed(ActionEvent e) {

				model.setRowCount(0);
			}
		});

		jBDelete.addActionListener(new ActionListener() {
			public void actionPerformed(ActionEven