weixin_40594350的博客

SCENIC实操示例

前两周我们聊到用RNA velocity进行细胞的轨迹（trajectory）分析，scVelo是现今使用最为广泛的、基于RNA velocity进行细胞轨迹（trajectory）的工具之一，它基于python。而seurat则是如今使用最广泛的对scRNA-seq数据进行预处理以及分群的工具，它基于R。因此在实践过程中，我们经常会遇见的一个问题，即如何在seurat上进行预处理和分群后，在scVelo上进行细胞轨迹（trajectory）分析。...

SCENIC的算法概述

一、bed文件介绍bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视