[scRNA-seq]单细胞转录因子分析——SCENIC实操示例

之前的文章我们写到了用SCENIC对单细胞RNA测序数据进行转录因子分析的原理：[scRNA-seq]单细胞转录因子分析——SCENIC算法简析。在这篇推送中，我们就用数据实例来展示如何得到SCENIC分析结果。

SCENIC有R的版本，通过SCENIC实现。在http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/aertslab/SCENIC/blob/master/inst/doc/SCENIC_Setup.html、http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/aertslab/SCENIC/blob/master/inst/doc/SCENIC_Running.html网址中有详细的讲解。

但是SCENIC整个算法的计算量都比较大，如果使用R来获得结果，需要非常长的时间。一个10x的样本就需要计算两天左右，当数据量增多时，使用R版本就显得不太现实。因此，SCENIC的作者还开发了对应的python版本，名为pySCENIC。

使用pySCENIC分析，我们可以通过运行python代码，调用函数获得分析结果，也可以直接使用命令行、输入不同的参数得到结果。因为使用命令行更为直接了当，在这，我们就来看看怎么用命令行获得SCENIC的分析结果。

安装及文件准备

pySCENIC的安装较为简单，只需要在系统输入一下命令行，即可安装。详细信息可见https://pyscenic.readthedocs.io/en/late